摩加迪沙的地理位置
雖然從遠古時代起就有人類移居到摩加迪沙，但因此地的氣候非常不適合耕作，故長期以來皆是以畜牧業為主要產業，至中世紀時仍主要經營畜產品。
儘管實際上的起源不明，但早在公元九世紀時，摩加迪沙附近的地區就已經是索馬里內陸地區與外界聯絡的要道。來自波斯或阿拉伯半島的伊斯蘭教教徒在約十世紀時來到附近地區開始殖民，由於他們相對上的經濟優勢，再加上長年與當地人的通婚，建立了一個穩定的混血文明，經常被通稱為東非城邦文明。其主要組成人口，是因所使用的斯瓦希里語（Swahili）而被稱為斯瓦希里人的亞非混血族群。
在這一系列的城邦之中，摩加迪沙與周遭的幾個城市位於地理上最北端。關於“摩加迪沙”這名稱的由來有兩種主要的說法，其中一種認為它是索馬利版本的阿拉伯語“Maqad shah”，意指“（波斯）國王的帝國設座”（Imperial seat of the Shah），暗示了波斯人可能與城市的奠基有所關聯。另一種說法認為它可能是斯瓦希里語“mwyu wa”（最北之城）的錯誤發音版本，暗示了摩加迪沙是非洲東岸一系利茲瓦希裡城邦裡面，最北的一個。當著名的阿拉伯旅行家伊本·白圖泰（Ibn Batuta）在1331年時來到非洲東岸時，他口中的“Maqdashu”已經是一個發展得非常龐大的貿易城市，所生產的布料等物資，甚至外銷輸送至包括埃及在內的其他地區。一直到今日，由第一任摩加迪沙蘇丹在1269年時所興建的法赫魯·丁清真寺（Mosque of Fakhr ad-Din），仍然矗立在摩加迪沙的市區內。
考古學家曾在摩加迪沙一帶挖掘出非常多來自古代中國、錫蘭與安南的錢幣，證明了摩加迪沙的貿易對象曾遍及至這些地區。其中，來自中國的錢幣大都屬於宋代的產物，雖然也有部分屬於明代與清代的物件。這個被古代中國稱為“僧祇國”（Zenj）的斯瓦希里貿易城邦大量進口了來自阿拉伯的陶器，中國的瓷器，與印度的布料，除此之外這裡還同時生產礦物資源，並輸出木頭、象牙、貝殼、奴隸與鐵礦至其他地區。直到十三世紀以後，另一個位於東非近海離島基爾瓦·基西瓦尼（Kilwa Kisiwani）上的海港，才因為作為大津巴布韋地區盛產的黃金之主要吞吐港，而急速發展並遮蔽了摩加迪沙、拉穆（Lamu）、桑給巴爾（Zanzibar）與其他北方港市的光芒。
公元15世紀初，鄭和下西洋時曾兩次訪問木骨都束。據《明史》記載，永樂十四年（公元1416年），木骨都束國、卜剌瓦國、麻林國曾派使臣到明朝朝貢。明成祖命鄭和賚敕書貨幣，護送木骨都束國使臣返國。宣德五年（公元1430年），鄭和再次訪問木骨都束國。隨鄭和下西洋的翻譯官費信，在《星槎勝覽》中記述：“山連地廣，黃赤土石，不生草木，田瘠少收。其富民附舶遠通商貨，貧民網捕海魚，曬乾為食，及喂駝馬牛羊。地產乳香，金錢豹，龍涎香”。
攝於公元1963年時的摩加迪沙市中心，背景見到的高塔是四柱清真寺的一部分
隨著大航海時代到來，葡萄牙人宰制了整個非洲東岸，而摩加迪沙也當然無法免除被殖民者在公元十六世紀時入侵的命運。但隨著阿曼的崛起，在隨後葡萄牙在東非的很多殖民地又被阿曼奪取。桑給巴爾蘇丹在公元1871年時佔領摩加迪沙，並在十九世紀末時修築了加雷薩宮（Garesa Palace）作為當地的行政中心。今天這座皇宮仍然存在，並被作為博物館與圖書館使用。
關於桑給巴爾和阿曼的詳細內容，可以看之前關於城邦桑吉巴爾的專欄。
桑給巴爾蘇丹在公元1892年時將摩加迪沙城出租給意大利，並在公元1905年時正式出售賣斷，而意大利則將意大利文中稱為“Mogadiscio”的該城設為意大利在東非的殖民地、意屬索馬里蘭的首府。而摩加迪沙周遭的其他地區，則是在公元1936年時完全落入意大利的控制之下。
第二次世界大戰期間，屬於軸心國成員意大利的殖民地之意屬索馬里蘭，自然也是同盟國的攻擊目標之一。英國自肯尼亞（當時是英國殖民地）方面對意屬索馬里蘭發動攻擊，並在公元1941年2月26日成功拿下摩加迪沙，一直統治著該地直到1952年時，才將索馬里蘭歸還給意大利，恢復意大利所屬之保護國的地位。公元1954年時，索馬里國立大學在摩加迪沙創校，是該國第一次擁有了高等教育的設置。在公元1960年時索馬里脫離意大利與英國兩國的控制，正式獨立，摩加迪沙也成為索馬里的正式首都。
雖然擺脫了殖民的命運，但在公元1969年10月21日，一場無預期的軍事政變，將索馬里的軍事將領穆罕默德·西亞德·巴雷推上索國總統位置，開始了他長達數十年的的獨裁政治。但在公元1990年時，叛軍攻入摩加迪沙佔領了首都，逼得巴雷不得不宣佈退位，並在公元1991年1月時出走尼日利亞的拉各斯。但合組叛軍逼走原獨裁者的幾支勢力，卻在之後因意見歧異而反目，其中，曾在公元1960至公元1970年代間因為計劃發動政變失敗而入獄的穆罕默德·法拉德·艾迪德（Mohammed Farah Aidid），獲得主要派系索馬里聯合大會（United Somali Congress，USC）的支持，但一些原本遭放逐避走意大利的USC成員，卻先下手為強宣佈穆罕默德·阿里·馬赫迪（Mohammed Ali Mahdi）是新任總統。
公元1991年6月，艾迪德被選為USC的主席，但馬赫迪拒絕放棄總統頭銜，再加上索馬里境內還有許多勢力也有意染指巴雷下臺後真空的地盤，因此爆發了一場以幫派組織般的小型民兵單位為主體的軍閥內戰。
一架美國海軍陸戰隊直升機在摩加迪沙上空，公元1992年。
聯合國最初介入索馬里事務，原本只是為了解決在索國南部嚴重的饑荒問題，但很快的這項行動開始變質成具有政治目的的軍事行動，也就是美方代號“邪靈蛇行動”（Operation Gothic Serpent）的軍事任務。以國際角度來說，索馬里境內的戰爭已經變質成一種盜匪幫派之間互相爭奪地盤、處於無政府狀態的混亂，為了解決這情況，聯合國希望能透過解除各派系的武裝，在索馬里境內扶植一個西方式的中央政府。但，對於索馬里當地的各個武裝派系來說，他們並不想接受這種西方文明主導的政治方式，也不願意放棄武裝與自我防衛的力量，因此，除了敵對的派系勢力之外，外人的入侵也成為他們對抗的目標。
代號“超級64”的美國空軍黑鷹直升機在摩加迪沙市區外的海岸線上飛行。該機是兩架於摩加迪沙之戰中遭民兵擊落的美軍直升機之一，為了營救其上的機組人員，導致大批美軍部隊身陷敵陣。
公元1993年6月5日，聯合國部隊嘗試將艾迪德所擁有的無線電廣播電臺關閉，以制止其進一步散播反聯合國的言論，之後艾迪德的民兵們則進行反擊，在衝突中射殺了23名巴基斯坦籍的聯合國部隊士兵。為了懲罰這件事與9月時民兵對在市區內巡邏的美軍與聯合國部隊開火之舉動，美國陸軍在10月3日發動“代碼艾琳行動”（Operation Code Irene），出動精銳的遊騎兵部隊與三角洲特種部隊，搭乘UH-60“黑鷹”與MH-6“小鳥”直升機，突襲摩加迪沙市中心的民兵據點。在這次的行動中，美軍雖成功地逮捕到艾迪德的兩位高階幕僚，但在任務策劃與執行時，因為對民兵火力威脅的低估，兩架美軍UH-60黑鷹直升機遭到火箭推進榴彈（RPG）擊中尾翼導致失控墜毀，百餘名美軍特種部隊在進行對墜毀直升機機組員的搜救任務時深陷民兵火網與路障，以致於美軍地面部隊一度困於市區中無法撤離。在這場被媒體稱為“摩加迪沙之戰”的激戰中，共有18名美軍與1名馬來西亞籍戰車駕駛兵陣亡，數十人受傷，但相對的，索馬里方面估計約有500至1000名民兵死亡，3000至4000個普通民眾受到波及（由於欠缺準確的情報管道，各方估計的數字落差非常大）。摩加迪沙戰役是美軍在越戰結束數十年後，第一次與敵對武裝勢力發生大規模的城市游擊戰，美國作家馬克·包登（Mark Bowden）事後收錄了自己幾篇關於此事件的專題連載，在公元1999年3月出版了《黑鷹墜落：一個現代戰爭的故事》（Black Hawk Down: A Story of Modern War）一書，這本書之後又由英國導演雷利·史考特（Sir Ridley Scott）改拍成紀錄性電影《黑鷹墜落》（Black Hawk Down）而使衝突事件與摩加迪沙這城市廣為人知。
雖然在公元1994年1月16日時達成停戰協議，但索馬里境內的兩個主要交戰體系，仍然在公元1995年3月所有的聯合國維和部隊撤出該國後，重新爆發衝突。艾迪德曾在公元1995年中時宣佈自己就任總統，但卻在公元1996年7月時，因為在巷戰中受到的槍傷而逝世。
一直到今日，摩加迪沙市區內仍然處於軍閥派系瓜分、時有槍火交戰的情況，正因為這混亂的局勢，公元2004年10月10日索馬里臨時國會是在隔鄰的肯尼亞首都內羅畢進行選舉，選出原邦特蘭共和國（Republic of Puntland，另一個從索馬里宣佈分離獨立的政治體）總統阿布都拉·尤素夫·阿罕默德（Abdullahi Yusuf Ahmed）擔任國家元首。然而，由於首都的安全考量，新成立的索國政府並沒有真的返回摩加迪沙市內執行一箇中央政府該有的業務與功能。
目前，主要的幫派交戰區域都集中於摩加迪沙的北部，相對之下，較少發生衝突的市區南部，則顯得較為富足安全。
