《任天堂明星大亂鬥：特別版》提供了三種不同的手柄操作玩法，包括任天堂 Game Cube 的操作、Switch Pro 手柄操作和 Joycon 的操作。下面對三種操作方式的按鍵配置進行介紹。
任天堂 Game Cube 手柄操作：
| 左搖桿 | 移動 |
| 十字 | 挑釁 |
| A | 攻擊 |
| B | 必殺技 |
| C搖桿 | 吹飛攻擊（猛擊） |
| Y、X | 跳 |
| L、R | 護盾防禦 |
| Z | 抓投 |
| START | 暫停 |
Switch Pro 手柄操作和 Joycon 操作：
| 左搖桿 | 移動 |
| 右搖桿 | 吹飛攻擊（猛擊） |
| 十字 | 挑釁 |
| A | 攻擊 |
| B | 必殺技 |
| Y、X | 跳躍 |
| L、R | 抓投 |
| ZR、ZL | 護盾防禦 |
| +、- | 暫停 |
| 截圖按鈕 | 截圖 |
鍵位改動操作方法：
這次遊戲中玩家可以在界面右邊菜單的「選項」→「按鍵」 裡面進行鍵位修改，除了按照上述表格中提供的默認操作方式以外，通過修改鍵位來使用自己最熟悉的操作形式是很重要的。
建議在選項裡把「振動」「同時按鍵發動猛擊」「快彈跳躍」三項都關閉。
關閉振動是因為如果玩家需要專心挑戰的時候，手柄振動可能會令玩家分散精力，如果你比較喜歡體驗振動感，可以不關；
「同時按鍵發動猛擊」指的是輸入方向+攻擊的時候會形成猛擊攻擊，但由於遊戲中通過輕推方向+攻擊還有特殊技能攻擊，兩者會產生衝突，因此建議關閉，而採用右搖桿使用猛擊；
「快彈跳躍」指的是向上輸入搖桿就會跳躍，如果你不想因為誤碰搖桿方向而起跳，建議關閉而僅適用按 X、Y 鍵起跳。