《女神異聞錄5R》相對原版，最主要的變化就是增加了第三學期相關內容，以及所謂的真結局。但如果沒有掌握方法，那麼很可能會錯過這部分內容。下面就為玩家們介紹《女神異聞錄5R》第三學期和真結局的進入方法。
要進入第三學期，最主要的因素就是在遊戲時間11月17日之前，將新角色丸喜拓人的COOP等級提升至9（之後會隨著劇情變成10）。另外，在11月17日前還需要將明智吾郎的COOP提升到8。
這樣，後續劇情按照原版選擇，不要進入壞結局，就能夠解鎖第三學期。在追加的內容裡選擇“不認同這樣的現實”，最後選擇戰鬥，就能看到真結局。