開篇動畫回顧了八神隆之律師（木村拓哉飾演）在三年前為命案嫌疑人大久保新平無罪辯護成功後發生的事件
大久保新平在獲釋後又因謀殺女友和縱火被逮捕，心懷愧疚的八神因此離開了源田律師事務所
三年後，八神在神室町（如龍的故事背景地）開設了自己的偵探事務所，這天在街上與搭檔海藤正治執行委託案件，跟蹤一名債務人
在任務進行時，八神遇到了擋路的小混混，開啟戰鬥教學模式，本作戰鬥方式與如來系列（0-6）相似，有固定招式及EX動作系統
戰鬥順利結束後繼續跟蹤目標，教程會有地圖、移動等方面內容，在重新找到目標時會有搜查玩法的教學
在人群中確定目標後開啟本作獨特的跟蹤教學，整體玩法和尾行系列類似，通過偽裝和走位避免目標發現自己就行，即使目標突然回頭也可以通過立刻轉身走入角落等方式規避，相對比較簡單
跟蹤目標來到目的地，八神無法在靠近偵察，這時候就要靠無人機出場，也是本作一大特色
劇情向前推動，目標會逃跑，即進入追逐模式，按動屏幕上出現的按鈕圖標對應的按鍵可躲避路上的障礙物，判定時間足夠長，難度不大
追上目標後又開啟一段戰鬥，可以學習戰鬥模式切換（群挑/單挑），順利贏得戰鬥後即可完成任務
序章結束
前往源田律所感謝介紹委託，海騰推薦去便利店買銅鑼燒作為伴手禮，根據地圖導航前往即可
從便利店出來遇到小混混糾纏，學會“三角跳攻擊”，解鎖技能學習系統，戰鬥結束後遇到松金組若頭羽村京平
來到源田律所，銅鑼燒被城崎沙織收下，認識新人星野一生，和源田龍造交談，這時新谷正道打來電話，委託八神協助調查一起命案
前往泰平大街的酒吧BAR TENDER見到新谷律師，瞭解案件經過，是為羽村做謀殺辯護，在與新谷律師對話中選擇正確選項可以獲得SP獎勵，分別選“逮捕理由”和“羽村的說詞”，離開酒吧前老闆會告知今後可以來這裡接受委託
按地圖導航找到計程車，來到神室署見到羽村瞭解案情，對話的正確選項是“關於被害人”、“關於爭執”和“不在場證明”
接下來到羽村說的浴室調查，與當值工作人員和周邊人詢問獲取信息，知道案發當天有男公關在浴室前被黑道打了，之後回到事務所休息
第二天在蜜茱蕾咖啡廳見到新谷獲得新情報，疑似案發現場的愛慕俱樂部門外監控錄像拍到重要信息，來到俱樂部後先找到監控攝像頭位置，進店後找店員詢問店長去向，再到後門進行調查
去mantai網吧找情報販子九十九誠一搜索店長的下落，在壽司店找到店長後給他看“10點離開店裡的監控錄像”，店長供認當晚情況，對話選“店內暴行”和“攝影機”
海藤打電話讓八神回事務所，見到藤井真冬檢察官，獲知檢方的動態，送真冬離開事務所在樓下遇到東京地檢署森田邦彥檢察長和負責此次案件的檢察官泉田圭吾
九十九此時發來消息讓幫買惠比壽屋的手辦，交出後解鎖“好友羈絆”系統，地圖上綠色握手圖標即為可攻略好友
再次來到源田律所與新谷討論案情，調查案發現場照片選“受害人頭部”、“畫面正中地面”、“最右側垃圾袋”和“受害人腰間”判斷出這裡不是第一案發現場，整理目前得到的所有信息
來到松金組事務所見到松金貢老爹，獲知共禮會老窩在千兩大街的KJ Art，按照導航找到先來的海藤，從巷子左側梯子可以直接爬到樓頂，解鎖”無人機駕駛“
在大樓右側四樓走廊裡找到目標人物村瀨晃，之後在五樓臨街窗戶看到他，準備喬裝進入大樓
先按計劃破壞空調外機，解鎖”開鎖“技能，到唐吉訶德買偽裝用工作服，進入大樓後先到一樓的警衛室，靠窗桌面上調查”大樓平面圖“，調查中間桌面”紙條“知道鑰匙在”保險箱“裡，筆記本電腦上貼著密碼，獲得“3樓鑰匙”
在辦公室遇到共禮會成員，選擇“裝成其他業者”可矇混過關，選錯會觸發戰鬥，一路到4樓後可從窗戶翻出爬上5樓
戰勝村瀨後向他出示“久米拋屍現場照片”，村瀨會告知當天情況，然後返回事務所
第二天來到源田律所將情況告知新谷，再到神室署面見羽村，之後海藤推薦情報販子黑警綾部和也，來到TENDER酒吧發現綾部沒在，從老闆處接到案發當天在浴室前被打男公關的委託
到天下一番大街的星塵夜總會找男公關聖也，發現他被客人帶出場，利用九十九搜關鍵詞“帶出場”找到聖也的位置，找到聖也後確認羽村當晚的不在場證明
來到浴室前找到攝像頭，遇到村瀨和共禮會成員的襲擊，戰勝後拿到攝像頭的監控錄像
庭審開始，泉田質疑羽村襲擊聖也的錄像畫面模糊，聖也在作證時也含糊其辭，原來是共禮會綁架了他的妹妹
八神趕到共禮會據點，和村瀨說明利害關係，救出聖也妹妹
根據聖也的證詞和新谷的辯護，羽村被判無罪當庭釋放，閉庭後八神在現場遇到了三年前報道案件的記者服部
第一章結束
八神和海藤來到之前兩起兇案現場調查，在10月的第二起案件現場調查“垃圾袋”、“垃圾箱”、“通往泰平大街的小路”，未發現有用的信息
八神正準備打電話，遇到帶著小丑面見的蒙面搶盜團伙成員X並被搶走了手機，觸發追逐戰，雖然最後未能追上X但也取回了手機
去找源田律所路上遇到生病的街友近藤，前往兒童公園的下水道找諸星醫生，解鎖致命傷治療和醫療包購買
來到源田律所，在紗織那裡接受婚外情調查的委託，在事務所與委託人見面瞭解情況，到起點開始跟蹤目標，到賓館外用相機拍下證據，繼續跟蹤目標探明真相
離開律所後遇到小混混，開啟“京濱同盟”的街頭戰，在千禧塔前被無人機撞到，解鎖“無人機大賽”
和海藤到”鯉魚夫人“找黑警綾部，與他的手下打一架獲勝後開啟店內的地下賭場，玩一把牌後綾部現身
綾部免費把“鼴鼠”的相關材料交給八神，返回事務所的時候在門口遇到蒙面人襲擊，回到事務所後查閱資料，獲知第二個被害人的行蹤
來到”晚安太太“找曾於被害人接觸過的香奈惠，在前臺指名要求服務，在房間內等來的卻是羽村，他要求八神不再繼續調查
八神來到松金組事務所請求老爹幫助，但老爹告訴他自己已經被羽村架空，無法幫忙
八神又被羽村約到咖啡店，與羽村手下爆發大戰，羽村唆使手下健吾向八神開槍，被X出面阻止，開啟追逐戰，成功逃離
第二章結束
回到事務所，發現海藤曾經的小弟東徹帶手下來找麻煩，東離開後海藤拜託八神前去跟蹤他
一路跟蹤到夏爾電玩城，現在這裡是東的老窩，在櫃檯打倒東的小弟，進入辦公室與東對話，回憶一年前的松金組搶劫案，回事務所問海藤，被告知綾部那裡有搶劫案資料可以買
到TENDER酒吧找綾部，老闆說他一會兒才來並給了新的委託，與蒙面搶盜團伙老大烏鴉見面，被委託尋找”小丑“，即之前幫助八神的X
在街上遇到團伙成員，聽到他們在千禧塔電影院頂樓見面，趕到後偷聽到他們的秘密，回來接委託的地方找烏鴉，與一群小混混戰鬥後烏鴉出現，按順序向他出示”團隊成員照片“和”烏鴉身上飾品“兩個證據，與烏鴉開戰
戰鬥結束後接到綾部電話，回到事務所休息後綾部送來搶劫案資料，知道當年案情後在停車場找到街友打聽情報，被要求去玩VR雙六贏取獎品，拿到獎品後獲得搶劫案嫌疑人紅鼻子的信息
趕到兒童公園後發現是街友部下的陷阱，一場戰鬥後得知紅鼻子在一年前已經死了
八神懷疑是東殺了紅鼻子，和海藤一起前往夏爾找東對峙，戰勝東和他的手下後獲知羽村殺害紅鼻子的真相
八神離開後，海藤和東說起八神的過往
第三章結束
羽村沒能抓到八神，自己卻等來仇家報復，所幸對方弄錯了人，才逃過一劫
八神聽聞復仇謀殺的消息後前往源田律所，遇到紗織和真冬審問偷蛋糕的星野，調查了”垃圾桶“、”冰箱“和”洗碗池“後，在模擬庭出示”垃圾桶“、”牛奶盒“和”停電通知單“的證據，最後選擇犯人是”沒有人“，順利幫星野脫罪
再來到夏爾找東詢問昨天的情況，懷疑是共禮會的復仇，讓新谷律師也要提高警惕，從夏爾出來後遇到京濱同盟頭目，解鎖”街頭危險度“系統
回到源田律師找新谷，接到離婚案的委託，在Le Marche服裝店找到太太，在中道大街找到女兒，劇情後回到源田律所，看到對方律師及川和委託人來要求籤離婚協議，並以視頻為證據認定女方出軌
八神來到對方拍到女方出軌的賓館前，打敗小混混後找老闆看監控視頻發現問題，但電腦被小混混毀壞，再回到律所拿出之前小女孩丟棄的馬戲團演出票想用親情打動對方，旅館老闆及時趕到拿出視頻備份作為對方造假證據
解決完離婚案後等新谷回到律所，八神提醒他要小心對方報復，新谷說這不是黑道仇殺這麼見到
離開律所後和海藤一起在TENDER酒吧與綾部見面，向綾部詢問“松金組情況”、“共禮會為什麼來神室町”以及“神室町情況”，知道共禮會的後臺是關西的建築商梶平集團，正要離開時遇到綾部的上司黑巖滿
和海藤再次來到共禮會據點旁的大廈，放飛無人機後在五樓辦公室發現村瀨，卻發現自己中了埋伏，被共禮會若頭鹽屋聰及小弟包圍，小丑X前來幫忙，打敗共禮會後他揭示自己的身份是梶平集團的前員工，自稱杉浦文也
到TENDER酒吧老闆電話，到酒吧來和大家一起玩猜瑪麗姐職業的遊戲，調查“頭頸胸手”後還是猜錯了，於是八神跟蹤瑪麗姐想解開謎底，最後發現是職業賭徒
回到事務所後接到紗織電話讓幫忙聯繫新谷律師，撥打新谷電話卻聽到房間裡響起手機鈴聲，卻在櫃子裡發現新谷被挖去雙眼的屍體
第四章結束
讓紗織幫忙報案後，八神先調查了新谷的屍體，查看了“胸口的槍傷”、“被挖的雙眼”和“左手邊的地面”，在腰旁發現了新谷的手機，找到了一個陌生號碼的通話
黑巖帶隊封鎖了事務所，八神來到源田律所，源田希望八神能停止調查，但新野表示自己會支持，並查出新谷最後的電話是打給尖端新藥開發中心，即三年前八神的辯護對象大久保新平工作的地方
第二天從律所出來遇到一個生病的老者，幫助他後解鎖“仙藥”系統
來到夏爾後，八神、海藤、東、星野和杉浦齊聚討論，八神帶星野前往新藥中心尋找線索，在前臺遇見中心主任木戶隆介，勾起了八神的回憶
三年前八神和新谷來到中心調查大久保的殺人案件，木戶讓護士寺澤繪美為他們帶路，在被害人和久的房間調查“床“、”窗戶“和”出入口“並理清案件情況，再到神室署詢問當事人大久保
回到律所後向源田出示”在門外看不到床上“的證據，律所外有人襲擊了新谷，追上去發現是寺澤，她願意出庭作證
在庭上八神對中心研究員生野洋司所作看到被害人躺在床上的口供提出質疑，以出入口的照片舉證，寺澤也證明了這一點，原來她是大久保的女朋友
拉回現實，木戶告訴八神之前新谷打電話來是找生野的，黑巖此時也來到中心，要帶八神回去問話
第五章結束
黑巖沒有逮捕令，八神拒絕配合他調查，他想見生野但被木戶拒絕了，在前臺打聽生野的消息，然後來到入口處查看樓內平面圖，找到右邊研究大樓的入口
這時遇到另一名研究院橋本，她願意帶八神去找生野，在生野的研究室裡見到厚生勞動省事務次官一之瀨燻，他和木戶一起阻止八神對生野的調查，一之瀨還用厚勞大臣風間恐嚇八神
回到神室町，八神想起”曾和綾部講話“時提到風間大臣，他曾與梶平集團有過交易，八神拜託杉浦進行調查
八神和海藤遇到了海藤曾經的同學足立，他現在是開發商，邀請海藤一起共事，八神趕到天下一番大街後巷的吉川大廈想看看海藤的工作情況
八神在路上聽到吉川和公司的留言，TENDER酒吧老闆也證實了傳聞，八神趕到韓來偷聽到吉川的邪惡計劃，海藤不聽八神的勸阻，兩人起了衝突，海藤要求足立證明清白，但足立命令手下攻擊他們，被八神海藤聯手擊敗
杉浦打電話來彙報進展，風間大臣和梶平集團曾圍繞研究中心有過交易，服部曾報道過這些內容
八神來到律所見到了真冬，她提醒八神檢察機關已經盯上了她，真冬離開後不久接到杉浦電話，真冬被黑道跟蹤了，八神急忙趕去救援，打敗攔路的共禮會成員，八神為”把你拖下水“向真冬道歉
八神和海藤、杉浦趕到綁架真冬的共禮會成員停車的夜總會，打敗所有共禮會成員後，梶平集團的老闆梶平茂現身
第六章結束
梶平說綁架真冬是為了讓八神協助自己調查之前安插在研究中心的臥底端木副所長離奇死亡的事件，海藤認為兇手的作案手法非常專業
來到地下賭場找綾部的代理人，在吧檯和墨鏡美女對話，發現竟然是真冬，拿到警方的調查資料，找出案發前和端木在一起的公共小姐
八神到胭脂女王俱樂部找人，但被服務員拒絕，海藤拿出紗織的照片說要她入職，服務員趕忙答應
為了勸誘紗織，找九十九問新開張的點心鋪，來到店前趕走鬧事的小混混，帶著點心來到源田律所
源田改變主意願意協助八神繼續追查，星野也說服紗織偽裝公共小姐前往取證，先帶紗織去Le Marche挑選禮服，然後去櫻桃美容院化妝
視角轉入紗織，順利入職胭脂女王后，第一次接客選擇“您好，我是紗織”，為美佳解圍時說“你睡著了”，因此和美佳成為朋友，並且知道端木死前曾和她在一起，之後繼續“給美佳打暗號”、“身體貼近客人”來博取好感
再說回八神這裡，去找海藤發現他帶著一個小男孩找爸爸，先去甲魚大街啤酒箱下調查，買便當回去找海藤，再去天下一番大街找借貸公司，替釜口一文向京濱同盟要債獲得線索，來到泰平大街東側找到小男孩爸爸，結果小男孩又被劫走了，和海藤一起救回小男孩
回到事務所遇到黑巖，他懷疑檢察官內有女性內鬼，並告訴他泉田要見八神
紗織打來電話去TENDER酒吧見面，從美佳口中瞭解到開發中心的內幕，大家一致認為新谷也是查到了什麼才被滅口
八神來到東京地檢署，泉田問他是不是偷看過新谷的通話記錄，八神說“我就是為此來的”，半年前被殺的“開發中心副所長端木”和端木遇害時與他在一起的“研究員生野”將案件聯繫在一起，但泉田說他們準備拘捕綾部，因為殺死新谷的子彈是從他的槍裡射出
第七章結束
綾部也知道自己即將被捕，他打電話來要求八神為他辯護，八神和星野來到神室署詢問綾部情況
八神想到松金組找老爹，但組員不讓他進，來到夏爾問東，知道老爹和羽村都躲起來了，東幫忙聯繫了老爹，他也不喜歡八神繼續調查，東和手下出面阻止，被八神打敗，老爹說鼴鼠是羽村麾下的殺手
海藤提議在松金組事務所裝一個竊聽器以獲取羽村躲藏點的信息，去網吧找九十九製作，拿到竊聽器後海藤讓八神抓住松金組的田代並偽裝成他混入事務所
在辦公室內的“落地盆栽後門”、“落地燈旁邊”、“入口門邊”和“老爹房間電視機後”安裝好竊聽器，撞上回來的組員，大戰一場
杉浦聽到羽村打來的電話背景有猜單雙的聲音，判斷他在一個地下賭場，來到鯉魚夫人地下賭場後問門邊的人知道另一個地下賭場在冠軍街
來到冠軍街東南角沒有門牌的房子前，暗號是“敲門3下”、“大月最近好嗎”、“近生的夏多布里昂”，進入賭場後找到羽村，和他的手下發生激戰
八神質問羽村這一切背後的主使是不是生野，羽村笑而不答，隨後他的手下趕來救走了羽村，併火燒了賭場，八神和海藤拼死逃出
第八章結束
從記者服部那裡獲得開發中心和ADDC9的信息，有關人體實驗的問題讓八神摸到了串聯的線索，認為三年前的那起命案就是因為失敗的實驗而起，生野的幫兇正是“中心所長木戶隆介”，鼴鼠的出現是在“半年前端木死的時候”
八神來到律所整理三年前的案情資料，源田告訴他沒有人是神，只能盡力做好自己的職責，在看守所再次見到大久保，他依然堅稱自己是無罪的
在TENDER酒吧門口遇到羽村派來的殺手，八神來到共禮會尋求幫助
再次到開發中心找星野詢問，在二樓樓梯口看到生野和木戶，正要上樓卻被一之瀨攔下，遇到研究員橋本，知道生野每天早上都要查房
看樓內平面圖決定從車庫潛入，打敗趕來的保安再換上他們的衣服混進去，等到第二天一早在病房遇到生野，打倒護住他的醫生和保安，抓到生野後質問他“開發中心護理師寺澤惠美”，從他的眼神中已得到答案
第九章結束
在松金組事務所門前用無人機找到在辦公室裡的東，跟蹤他（跟蹤+追逐）後知道羽村也在找八神他們，海藤建議抓羽村手下問出他的藏身點
八神作為誘餌出發，在大街亂逛但沒遇到松金組成員，去TENDER喝酒，和瑪麗打賭，先調查“男人面前酒杯”，然後選“2杯”，喝酒後去松金組保護的店鋪鬧事
打敗前來阻止的松金組成員，追逐一個逃跑的手下到亞細亞街，卻中了羽村和手下的埋伏
海藤身中一槍被松金組抓住，八神在杉浦的及時救援下逃出，買好藥品裝備後和杉浦再一起闖入羽村的據點救出海藤，最後打敗羽村並把他押到共禮會的地盤進行審問，鹽屋表示自己很樂意提供幫助
第十章結束
審問羽村“開發中心副所長命案”，獲知鼴鼠的更多信息，殺害端木後生野也願意羽村和鼴鼠進行長期合作，他們綁架共禮會成員做藥物實驗，而在他們背後支持的真正始作俑者是厚勞省的一之瀨，出示“俱樂部晚9點監控照片”確認羽村參與綁架共禮會成員，但羽村也不知道為什麼要挖去死者眼睛
審問還沒結束，松金組成員來救羽村，鼴鼠出現，他正要殺死羽村滅口，卻被松金老爹擋下了子彈，羽村吐露鼴鼠就是黑巖
黑巖到現場後帶走八神協助調查，兩人唇槍舌劍互不落下風，並且都誓言要消滅對方
第二天共禮會若頭鹽屋也被殺害，八神把真相告訴了真冬，並表示自己絕不會退縮
第十一章結束
松金老爹的告別儀式在東城會總部進行，來者寥寥
綾部告訴八神有關黑巖的情報，證實他也是一個黑警，回到事務所後遇到服部，他代表梶平來了解情況
搭計程車來到神室菊野屋，共禮會和梶平都要求儘快剷除鼴鼠和其背後勢力，但現在羽村下落不明，大久保也即將執行死刑
服部建議從最薄弱的木戶入手，八神帶紗織打扮一番後開始色誘計劃
紗織假扮記者來到開發中心前臺，木戶果然被其美貌吸引，在談話中選“那我就不客氣了”，說“想知道木戶先生的事情”，喝酒後“解開襯衣釦子”，然後拍下木戶性騷擾的視頻
以此視頻為要挾約木戶到棒球訓練場，打敗保護他的小混混後將木戶帶到夏爾審問，最後木戶招供幕後主使都是“厚勞省的一之瀨”，他還供出秘密實驗室的存在，但不知道具體位置
來到千禧塔找到木戶所說的一之瀨助手石松，在二樓走廊可以找到他，隨後跟蹤石松走過一大段繞圈路來到秘密實驗室
進入實驗室後，在有積水的地方先進左邊門找到電棍，投入水中將門短路打開，上樓在三分鐘內打敗敵人救出被抓的杉浦
找到實驗房間後遇到生野，杉浦也露明身份正是三年前被害的寺澤惠美的弟弟寺澤文也，他正要想生野報仇時森田帶檢察官和警察趕到
八神希望森田以私闖民宅為由封鎖現場，但一之瀨趕到並欲阻止，森田也站在他一邊，黑巖也趕到夏爾救走了木戶，八神徹底失去了勝算
第十二章結束
在TENDER見到真冬，要陪她一起去線人那裡取資料，一路護送打敗小混混，沒想到線人是序章裡被我們追債的偵探，通過他給的資料瞭解森田為什麼會和一之瀨同流合汙
帶真冬回源田律所，卻撞見星野和紗織在曖昧，八神決定重出江湖，親自為綾部辯護
送走真冬後，八神來到蜜茱蕾咖啡廳見泉田，八神質問泉田是來“說服真冬聽檢察長的嗎”，泉田卻表示願意幫助八神，並且誘騙一之瀨在綾部的庭審上作證
眾人齊聚事務所，在開庭前還有三件事要做（不分先後），八神先到拘留所會見了大久保，讓他重拾信心，又和星野一起來到開發中心，但木戶要做牆頭草，除非他們有勝算否則拒絕協助，最後和東一起到松金組，用武力勸阻組員們不要衝動行事，答應他們自己會為老爹報仇，最後回到事務所在門前遇到杉浦，為最後出發做準備
來到律所，泉田說已成功誘騙一之瀨出庭作證，這時得知綾部的地下賭場已被查封，八神趕到後遇到了森田，他講述了自己支持一之瀨的原因，這時黑巖也趕到，和八神展開大戰，打急眼的黑巖要對八神開槍，被森田擋下，從賭場出來，朋友們都來為八神助陣，八神在人群中發現一個穿黑色雨披的神秘人，追他到樓頂後神秘人說出了驚天秘密
庭審當天，八神的詰問令一之瀨慌了手腳，八神拆除開發中心最初的目的是“因為一口氣增加公務員的養老公司”，然後指出人體實驗的證據即是“新谷手機上打給生野的記錄”，並且他從羽村口中知道“共禮會連續命案和生野的關係”
原來八神那天發現的神秘人就是躲藏起來的羽村，他給了八神“和一之瀨聯手的錄音證據”，一之瀨在證人席坐立不安，他用眼神指示旁聽的石松去安排除掉鼴鼠以滅口，但石松卻被海藤等人攔下，八神也把辯護任務交給了星野，自己則出發去找黑巖
一之瀨派去除掉黑巖的手下被反殺，臨死前他告訴八神去開發中心，黑巖到那裡找生野去了，趕到開發中心打敗黑巖的手下，在研究大樓通道前調查“倒地警衛背後”發現可以開門的金色卡片，但在他們通過連廊時，黑巖開槍射中氧氣瓶發生爆炸，連廊被炸斷
從另一側趕到研究大樓，黑巖已經捉住生野，八神和黑巖展開最終的決戰，而在法庭的木戶看一之瀨大勢已去，也願意出庭作證，並爆出了ADDC9的秘密
黑巖死後，生野還固執地認為ADDC9是有效的，並給自己注射了藥劑，卻當場頭疼欲裂，雙眼發藍而死，八神這才明白為什麼之前鼴鼠要挖掉死者的眼睛
綾部被判無罪，大久保也極有可能會翻案，一之瀨和森田都被逮捕，正義終於得到伸張，真冬希望八神能繼續回去做律所，但八神卻認為做個找貓捉姦的偵探更適合自己
全局終