本阶段开始为二周目主任务内容。
庆典结束之后
前往银河队总部触发剧情，对话后直接进入主任务「神话的探究者」。
神话的探究者
到黑曜原野高港基地与望罗对话；
到达地图险林目的地消灭蜂女王头目；
Lv60蜂女王，重点弱岩石＼其次飞行、火、电、冰，虫伤害减半＼格斗和草基本无效＼地面无效；
击败蜂女王获得「岩石石板」；
离开黑曜原野前往古昔隐居地，进入屋子与吾思对话；
把对话全听完会接到五个主任务，「神话的探究者」结束。
接下来针对「湖泊的石板」、「吹火岛的石板」、「迎月战场的石板」、「雪峰神殿的石板」、「起始海滩的石板」五个主任务进行。
※获得另外两个御三家
到银河队总部星月左边办公室找拉苯博士对话直接获得另外两只宝可梦。