《蘇菲的鍊金工房2》為《蘇菲的鍊金工房 ～不可思議書的鍊金術士～》的續作，主線攻略按照本作「行程表」內的主要劇情行數序列進行編寫，如有卡關情況可針對劇情片段進行排查。
遊戲開始直接進入劇情；
◎夢幻世界艾德維格
出去看看吧
劇情後離開目前所在的房子到達商業街觸發劇情；
※按下十字鍵↓打開大地圖菜單，本作可以通過大地圖藍色相關標記的位置推動主線前往目的地。
前往夢之大樹吧
前往目的地夢之大樹觸發劇情；
在鎮上打聽普拉芙妲的消息吧
回到住宅區觸發劇情；
去郊區的鍊金工房看看吧
前往東北出口目的地觸發劇情；
到達郊區北處目的地觸發劇情進入鍊金工房；
※劇情後阿蕾特與奧利亞斯加入隊伍，普拉芙妲鍊金工房將作為你的根據點。
◎她是普拉芙妲嗎……？
前往初聲綠地吧
離開工房回到商業區從北門到達初聲綠地觸發劇情；
收集布料的材料吧
在初聲綠地討伐魔物完成戰鬥教學指引；
採集地圖標記的素材；
調合布料吧
收集完畢後進入劇情回到工房，完成鍊金教學指引；
前往水晶光輝亭吧
前往商業街南處目的地進入房子觸發劇情；
※劇情後普拉芙妲加入隊伍，奧利亞斯離開隊伍。
◎幫阿蕾特的忙
試著承接委託吧
與櫃檯NPC對話接取支線；
打倒爽風原野上的飛鷹吧
前往目的地打倒飛鷹，完成雙重攻擊教學；
返回水晶光輝亭報告吧
回到水晶光輝亭彙報任務觸發劇情；
※劇情後獲得大地圖，可以利用大地圖快速傳送到目的地等。
前往尼爾森林吧
大地圖傳送到風撫平原-初聲綠地觸發劇情；
從爽風原野西北出口前進，到達目的地觸發劇情；
第一部分主線結束。