這場暗無天日的神明之戰最後以帝俊戰敗而亡作為收場，神明們死傷殆盡，女媧奄奄一息，起源之地的輝煌不復存在。女媧恍惚間明白了創造與毀滅的輪迴無法避免，究極力量終究不能為人所支配，她用最後的力氣將方舟核心（就是宇宙之心）封印，將鑰匙放在了十二座奇蹟中，期待著將來會有能正確支配力量的人出現，眾神隕落，象徵著一個時代的終結。
轉眼已是三千年，人類繼續繁衍生息，創造了屬於自己的文明，迎來了璀璨的英雄時代，當年的十二奇蹟部分猶在，部分下落不明，昔日的神明時代幾乎淪為傳說。西方大陸某處，“墮世之神”帝俊因為曾經在方舟上偷偷保存了一小小塊方舟核心，得以甦醒，但他只有意識不能移動，需要方舟核心來重塑機體。有一天滲透在土地裡的長安城牡丹花的汁液帶來了關於方舟核心封存地的線索，被帝俊選中的青年馬可波羅，帶著使命，踏上了東方大陸。
稷下學院的老夫子是曾經的神職者，見證過神明之戰，如今他是稷下三賢者之首，大陸第一強者、王者大陸最智慧的**。文明不能再度毀滅，要比墮世之神先找到奇蹟鑰匙，阻止宇宙之力被錯誤使用。夫子將厚望寄託於受徵召的英雄。
未來征程已然開啟：
同伴與敵人，奇蹟和命運，這一次，究極的力量能否找到它正確的方向？
