序言
相信很多人在日常接觸動畫之中都會聽說過庵野秀明的封神之作《EVA（新世紀福音戰士）》，這部作品自誕生以來就褒貶不一，因為在這部作品之中穿插了大量的意識流、心理學暗示、宗教意味、場景分鏡的佈置、哲學、存在主義等等諱莫如深的手法，特別是由於TV版後期製作經費不足，動畫TV版最後的25、26集通篇都在閃爍著意識流去刨析人物和闡述劇情，這給當時年幼的我看的一頭霧水、也給了很多當時的觀眾產生嚴重的質疑和憤怒，但是在我2019年，我人生面臨著疫情，面臨著高考，面臨著每日數不盡的人與人之間的隔閡之中，我深刻明白到人類本身就是一直完全不能心意相通的個體，我在那一刻突然很寂寞很孤獨只想逃避，我在每天疲憊之後重新打開了這部作品，那一刻，真正感受到了作為人類所創造藝術的意義，那就是精神共鳴，在藝術中直面到了自己的內心，並重新去選擇愛這個世界，所以到了今天，我決定想寫些什麼，本文並非為了得到關注而過度解讀，就僅從《EVA》的世界觀與時間線出發，給每個想去重溫這一部作品的觀眾更好的體驗。也許每個人看完不會有我一樣的共鳴，也許很久以後，我回頭看我自己寫的這個文章，會覺得很好笑、結構不完善、細節不夠考究、但是我還是很想記下當時心頭對《EVA》充滿激情的，對人與人之間隔閡充滿樂觀的自己。
（TV版26 集《世界の中心でアイを叫んだけもの》內容）
此段來自漫畫第一話庵野秀明的《我們到底想做什麼——寫在EVA開播之前》：
故事中有個14歲的少年，害怕與別人接觸。
他認為自己的行為是無所謂的，放棄讓別人瞭解自己。
生活在一個封閉的世界。
自認自己遭到父親遺棄，自己是個沒有用的人。
卻沒有自殺的勇氣，是個膽小的少年。
故事中還有一個29歲的女性，與別人接觸時儘可能的保持距離，從表面的接觸中逃開，以保護自己。
兩個人都受到傷害感到極度恐懼。
兩個人都欠缺一般主角所具備的積極性，讓人覺得不合適。
但是我還是讓他們當主角。
有人說”生活就是需要變化”。
我希望在這個故事結束時，不管世界也好，他們也罷，都能有所改變。
所以我創作了這部作品。
這就是我真正的心情。
《EVA》是我在頹廢了4年，什麼事都不幹之後，全心投入的作品。
逃避了4年，就是死不了的我，秉持著唯一信念”不能逃避”！的情況下再度創作的作品。
想要讓自己的心情表現在影片中而產生的作品。
我知道這是一個衝動，傲慢而且困難重重的舉動。
但卻是我的目標。
結果還不曉得。
因為在我心中這個故事還沒有結束。
真嗣，美里，零等人會變成如何，往哪裡去，還不清楚。
因為工作人員的想法究竟如何也還不清楚。
感覺上很沒有責任感吧。
但這卻是我們為了達到和作品[同步]的目標所產生的結果。
“即使如此，也是仿造的。”
雖然揹負著這種風險，但現在我們也只能依著這種方法制作。
因為我們的[原創]，只出現在那個地方……
1995.7.17 一個陰雨的日子
版本介紹
由於《EVA》這部作品版本眾多，現在我先按照各種大版本的時間線整理一下
1. 1995年動畫片TV版《EVA（新世紀福音戰士）》（下文簡稱TV版），一共26集，其中1集到24集屬於主線劇情逐步展開，但前文提到由於後期資金不足，最後的兩集沒有給前面發生的劇情形成一個明確易懂的收尾，採取了在當時觀眾和媒體反響強烈的意識流收尾。
（TV1 話《使徒、襲來》初號機與主角第一次同框）
2. 1995年貞本義行改編的漫畫《新世紀福音戰士》出版，在出版到第四期停載，1999年覆載，其中對原作進行了一定的程度的改編，雜糅了一些相關遊戲和同人漫畫版的內容，最大的差異在於結局的處理，大體和原動畫相同，但是刻畫比原作更為細膩一點點，也是值得去體味。
（漫畫《新世紀福音戰士》STAGE.18
3. 1997年的兩部劇場版《死於新生》、《Air/真心為你》出版也是被大多數觀眾認為是動畫版真正的結局，也是被稱為“舊劇場版”。其中《死於新生》的劇情和TV版的1—24集基本一致，可以作為一個快速的劇情回顧，並且也對某些重要線索進行突出處理，如果是很久沒看動畫版，可作為一個快速回顧，如果是連續觀看，那麼也可以不繼續鑽研，選擇跳過。而《Air/真心為你》劇情接著動畫的24集，進行一次劇情的一次極佳的收尾，其中將TV提高到了一個更高的高度。
4. 2007年出版的《EVA新劇場版：序》，也叫EVA1.0。《序》作為福音戰士新劇場版系列的第一部，故事沿襲電視版第1至6集、漫畫版單行本第1至3集的劇情（從真嗣到達第三新東京市開始至屋島作戰勝利為止）。這部作品是基於原作的重新制作，而不是續編。
（《序》原畫集）
5. 2009年出版的《EVA新劇場版：破》，也叫EVA2.0。這一作雖仍以原動畫版8-20話故事發展為藍本，但對比原作，人物、情節等都發生了巨大的變化，可以當做一部全新的影片來觀賞。
從樣貌服裝到聲優性格 全方位打造新角色-貞本義行
#eva#
6. 2012年出版的《EVA新劇場版：Q》，也叫EVA3.0。這一部給我的直觀感受就是一沉再沉的壓抑，同時也出現了很多未知的鋪墊與疑惑。
序、破、Q線稿設定集
7. 2021年出版的終章《EVA新劇場版：|▎》，也叫EVA3.0+1.0。尚未觀看。
（《Evangelion 3.0+1.0 booklet》插畫）
8. 眾多優秀的同人作品，如《之後的EVA：愛》，時間奔流、集結之園等。
由於本人在觀看TV版和舊劇場版太為經典花費了太多時間解讀與查閱資料，導致無精力再對新劇場版進行深度解讀，並新劇場版沒有完全看完且與原作的設定偏離巨大，比如最明顯的就是使徒數量由18個削減為12個，並且取消了它們的天使名字只以數字來命名，所以下文都基於TV版與舊劇場版進行解讀。
EVA世界觀：生命的演替、循環、最終形態、與終章（或新起點）
TV版對世界觀的描寫極其零碎，所以很多細節與世界觀的推敲都是要通過外傳來實現。EVA的劇情起源於希伯來聖經，也就是猶太教的《舊約》，也在情節裡裡面以《死海文書》作為本作一個關鍵信息點進行世界觀的闡述。現實中的《死海古卷》並沒有被完全挖掘出來，有很多都遺失或者成為殘片無法閱讀，而在《EVA》中，製作組就將原本屬於《死海古卷》但卻至今無法完整解讀的這一部分，設定為末日預言書，被人們稱之為《裡•死海古卷》，而《裡•死海古卷》的直接產物，則是Seele的行動劇本，即Seele 執行"人類補完計劃"的具體規程，裡面詳細記錄了計劃的全部過程。
1、生命之樹的演化
根據《舊約·創世記》第二章8-9節的記載，生命之樹位於伊甸園中央，而卡巴拉藉由此來描述所謂通往神（在卡巴拉教派文獻中，通常被稱為“耶和華”，或“神名”）的路徑，或神從無中創造世界的方式。即在世界還是虛無的時刻，“上帝”在名為“月”（伊甸園）的載體中放入了生命的種子，生命之種隨著歲月的流逝慢慢生長，最終成長為卡巴拉生命之樹，並在生命之樹成長到頂峰的時候誕生了四樣對於未來最重要的事物。
（TV版片頭出現的生命之樹）
PS:
(《破》裡面也隱晦的出現了，發生在參觀海水進化池中)
其一是生命，生命輪迴中所有生物的祖先。最初的兩個生命為亞當（Adam）和莉莉絲（Lilith）。他們亦或是“它們”為生命等級中最初的存在，也是生命兩極中雌性或者是雄性的最完全形態和最高形式。
亞當與莉莉絲對於地球來說都是天外來客，46億年之前，亞當（即第一使徒）沉眠於“白之月”之中，並以以一顆隕石為載體撞擊到遠古地球南極位置的表面，這也是世界觀裡關於地球時間線的開端。亞當是身高數十尺的巨型生命體（TV版以發光巨人表現），撞擊後，亞當甦醒並逐漸繁衍出（類似於無性繁殖）第三至第十六使徒並使其分散到了遠古地球的各個角落，使徒在接下來漫長歲月的使命就是迴歸，迴歸於使徒之父亞當，之後與亞當進行相互融合，重啟生命之樹，進行下一個命運的輪迴。“白之月”同時也帶來了朗基努斯之槍（下文會進行解釋）和死海文書。從這個時間尺度來看，亞當和三至十六使徒才是地球最原始的主人。
（第二次衝擊的“光之巨人”亞當）
40億年前，莉莉絲（被稱為是第二使徒）位於“黑之月”，也降臨地球撞擊在遠古地球的亞洲地區（現代的日本箱根），特別提醒的是，黑之月的降臨導致太平洋地塊的一部分被剝離地球，並由於地球引力的抓獲形成了地球的衛星—月球，黑之月的降臨也被稱為第一次衝擊（First Impact，英文版也稱Giant Impact）。
第一次衝擊引起了遠古地球極大的氣候和生態變化，導致準備進行活動的亞當和使徒們進入了休眠狀態。隨後，莉莉絲釋放出體液（後來被人類稱為“LCL之液”）流進了大海之中，隨著時間推移衍生了地球的各種生物，其中包括第十八使徒人類（Lllin）。特別補充一下莉莉絲和亞當在希伯來神話裡的聯繫莉莉絲是亞當的第一個妻子（而不是夏娃哦），但她不甘心屈服於亞當，後來背叛亞當並逃到了地中海區域，且和撒旦生下了惡魔之子Lilin（即TV裡的第十八使徒人類）。按這個設定，人類的存在是有原罪的。而後莉莉絲的體液（LCL）逐漸分泌出來，混合到了地球的海水裡，逐漸繁衍出了多樣的生命，並且人類（Lilin）後面還繁衍出了屬於人類自己的文化和科技。可以稱第一次衝擊可以被稱為人類的起源。
（TV24話《最後のシ者》亞當靈魂和莉莉絲肉體相望）
綜上所訴，使徒是亞當的後代，而人類是莉莉絲的後代，雙方存在了強烈的矛盾與不同的行為認知。亞當和使徒先到地球，是地球原本的主人；莉莉絲和人類才是後來者，但卻宣稱是地球的主人。現在來和大家分別介紹在TV版裡出現的十八使徒與其命運。
第1使徒亞當：第二次衝擊的引導索
第2使徒莉莉絲：被插在NERV日本本部下
第3使徒水天使：被暴走的初號機擊破
第4使徒晝天使：被初號機擊破
第5使徒雷天使：零號機掩護+初號機遠程狙擊擊破
第6使徒魚天使：被2號機+太平洋艦隊擊破
第7使徒樂天使：被初號機+2號機擊破
第8使徒胎天使：被2號機擊破
第9使徒雨天使：被0初2三臺機擊破
第10使徒空天使：被0初2三臺機擊破
第11使徒恐怖天使：被赤木律子擊破
第12使徒夜天使：被暴走的初號機擊破
第13使徒霰天使：被搭載傀儡系統的初號機擊破
第14使徒力天使：被覺醒的初號機擊破
第15使徒鳥天使：被0號機使用朗基努斯之槍擊破
第16使徒子工天使：被0號機自爆擊破（前面子工是錯別字，原因你懂）
第17使徒自由天使：被初號機擊破
第18使徒人類
（Evangelion chronicle）
其二是果實，也是分別具有兩極性質的生命之果和智慧之果。除了Lllin（人類）除外的十七位使徒都選擇了生命之果（後來被人類稱為S2開關），而Lllin選擇了智慧之果。因此選擇了生命之果的十七位使徒擁有了持續的能量，不用攝入能量並且能夠自我再生，擁有獨立完整的肉體和心之壁（即A.T.Field力場），但無法繁殖後代且智力較低接近本能水平，他們的生命行為只遵從第一使徒亞當的召喚，克服一切與亞當融合引發第三次衝擊消滅地球上的其他生物，從而重啟生命之樹進行下一次輪迴。而Lllin選擇的智慧之果導致了心之壁不夠強大，無法像其它使徒一樣擁有完整統一的生命體，而是分裂成許許多多心之壁脆弱的個體，但人類可以兩性繁殖，並且擁有接近神明的智力水平，建造了繁榮的高科技文明，但是不同個體心之壁的隔閡導致了人與人無法感同身受，無法共情到對方的喜悅或痛楚，造成了處於社會上所有的Lllin不停發生爭端與矛盾，互相傷害。
（杯子破壁、分離、裝的水（靈魂）流出來、來自26話中分析碇真嗣的一張圖片）、
據聖經故事介紹，人類吃了智慧之果，上帝或者說神懼怕人類，因為人類如果再獲得了生命之果，那就將成為等同於神的存在，於是上帝將人類趕下了樂園，並且給地面上生活的人類降下很多災禍（使徒跟人類對抗的目的可能有這個原因）。
心之壁（即A.T.Field力場）：在TV前半部分，它的形象更接近於使徒使用的一種獨特的武器系統，可以用AT立場抵擋隔開住人類各種高科技結晶熱武器傷害與進攻，只有另一個AT立場才能將其中和融化掉，在直觀視覺上AT立場呈金色多邊形嵌套形狀，沒電的初號機首次登場便展示了徒手撕裂AT立場的經典場面。
（TV版2 話《見知らぬ、天井》）
而在動畫後半部分，心之壁的含義被深化為“將自身與客觀物理世界分割開的一堵牆“，且設定為每種生物都具有心之壁，解釋了為什麼人類社會寂寞痛苦的原因。
其三是海洋，也就是LCL之海。它區別於原始地球存在的任何液體，而是某種與生命同源的物質。LCL是肉體的組成部分，心之壁的束形體，靈魂安置於其中。並且兼顧液體與氣體的性質，直接提供維持生命所需的養分，明顯體現就是EVA駕駛艙的插入栓裡的液體就是LCL，通電後其分子組成發生改變，由粘稠變得澄清。利用LCL可以進行駕駛員與EVA的神經連結來操縱EVA，並向駕駛員肺部直接提供氧氣，可以對駕駛員提供精神攻擊與身體衝擊上的保護，類似人類母體中的羊水。LCL其實是莉莉絲的體液，在NERV放置莉莉絲的最終教條區中莉莉絲不斷的流下LCL形成LCL之海，並且在第三次衝擊發動時所有人類都化為LCL。
（碇真嗣第一次在插入栓接觸LCL）
其四是掉落完果實的生命之樹的根鬚，生命之樹瓦解之後的部分變成了朗基努斯之槍。朗基奴斯之槍也就是後來的“弒神之槍”。（朗基努斯之槍的名字來自於《聖經》，根據《聖經》的記載，一名叫做朗基努斯的人用槍刺傷了被綁在十字架上的耶穌），EVA中，隆基努斯之槍是一把長几十米的巨型長槍，因為來源於生命之樹的根鬚，所以是人類補完計劃的關鍵組成部分，同時EVA也把它當武器使用過。綾波麗曾用朗基奴斯之槍穿透鳥天使的A.T.Field並將其擊殺，阻止了它對明日香的精神攻擊。劇場版中有其複製品出現，併成為EVA量產機第一武器，明日香的二號機也毀於量產機的長槍之下。隆基努斯之槍是失去生命果實和智慧果實的生命之樹剩餘的部分根鬚，所以可以穿透AT力場，複製品雖然擁有同等的破壞力，但是不能參與人類補完計劃的儀式。
（初號機拔下莉莉絲的朗基努斯之槍）
根據前方的大量闡述應該大家初步理解要重啟生命之樹所需的條件了Adam的身體（亞當之卵）和魂（渚薰），Lilith的身體和魂（綾波麗），朗基努斯之槍，能控制補完過程的個體意志，舉行處死儀式（或稱贖罪儀式）所需要的素材（後面出現的量產機）。同時擁有生命果實與智慧果實。
2、死海文書：歷史走向的推手
死海文書可以說貫穿了整部作品，成為一個最重要的道具，主要作用是死海文書對於未來的事情有著明確的預言，這也成為了人類所有佈局的一個基礎。
死海文書的來源有一般來說有下面幾個說法：
死海文書來自於人類早期的賢者記錄的，這些賢者在第一次衝擊後不久誕生，他們還知道曾經發生過的事情，因此將這些事情記錄在了死海文書。
另一種說法是，死海文書是上帝或者神書寫的，然後隨著亞當降落到了地球上，按照這個說法，死海文書是“神的預言”。
個人傾向於賢者記錄的說法，因為要是神的預言的話，那麼最終碇源堂想要逆天成神的計劃豈不是就註定會失敗，這給人的無力感太強了。
前文提到，EVA虛構了現實裡死海文書的現實原型《死海古卷》的設定，死海文書記載了生命萬物的輪迴和誕生，它的發現使人類知道了自己的起源和最終走向的道路，其中指出某一時刻亞當將會和莉莉絲所生的必將歸還本體（可以理解為養育出新的生命之樹，生命進入下一個輪迴）。
在“死海文書”中有這樣一段預言：“在2000年後的某一天，古代的賢者會與Lilith進行事先約定好的儀式，屆時所有的人類將會迴歸虛無。”（這段的確是摘自猶太教的典籍），“古代賢人”所指的就是ADAM，而“約定好的儀式”所指的是處死儀式（也叫做贖罪儀式，來源於《聖經》中的耶穌贖罪儀式）。
死海文書中還預言智慧生物的人類最終會叛變Adam，篡奪補完的實際指揮權，改變其進程，因此將人類列為第18使徒——殺害第17使徒的使徒。（暗指碇源堂）
3、殊途：NERV、SEELE、碇源堂
NERV是國際聯合最高幹部會所屬——人類補完委員會直屬特務機關。這個機關擁有超越國家的權力，其成立目的之本質是人工進化研究所及其周邊設施守備兼任。主要任務是為了預防第三次衝擊，開發、研究EVA、以及對使徒的調查、研究和殲滅，但其真實質目的是按SEELE的指示執行“人類補完計劃”。在碇司令和冬月主持之下，NERV與SEELE貌合神離，雙方各懷鬼胎，最終在結局演變為武力衝突。
（出現在第一話中葛城美里手裡的NERV平面圖）
SEELE是幕後操縱NERV和人類補完計劃委員會的迷之巨大組織，早在“第二次衝擊”之前就已存在，觸手遍及世界各地，甚至可以干涉聯合國事務。 SEELE的成員一般並不直接露面， 都是以聲音的形式出現的，碇源堂是第13個加入SEELE的人，這個數字也註定了他必然是那個扮演“猶大”的人。
（TV24話《最後のシ者》渚薰與“魂之座”）
人類補全計劃：人類是有原罪的，SEELE想回歸莉莉絲贖罪，即Lllin失去所有細小脆弱的個體，打破心之壁，華為LCL融為一體，所有人的靈魂重新回到母親的身體裡，所有精神與想法不再相隔，成為人類進化的新的姿態。
（《Air 真心為你》）
E計劃：為了消滅使徒並進行儀式，按照計劃需要至少12臺EVA。零號機、二號機以及以後的EVA，都是複製亞當製造。只有初號機例外，初號機的原型使用的是莉莉絲。
亞當計劃：復原原始形態的亞當。
碇源堂的目的卻是和綾波在最終教條區完成著他們的計劃，植入他右手的亞當與承載莉莉絲靈魂的綾波麗融合。綾波麗吸收碇源度右手中的亞當，並和莉莉絲的本體合而為一，莉莉絲脫下臉上的“耶和華之眼”面具，碇源堂自己成神，他的說法是為了復活亡妻，但實際真正目的就要更深入去分析其心理在劇中的影射等了。
（TV版15話《 噓と沈黙》真嗣和源度一起去為母親唯掃墓，墓下卻是空白）
4、EVA的形態與本質
EVA在很多沒有涉及這部作品的人眼中是機甲或者高達，其實EVA是生物，都是複製於亞當和莉莉絲的複製體，他們外表那層類似於機甲的金屬錶殼其實是拘束器，為了限制EVA真正的力量，防止暴走。因為EVA沒有S2機關（生命果實），所以戰鬥時必須通過電纜來提供能量，內置電源只夠活動五分鐘，後來初號機吞噬力天使獲得了S2機關，就產生了自給自足的能力。
（TV版19 話《男の戰い》初號機暴走吞食S2開關）
零號機、二號機以及以後的EVA，都是複製亞當製造。只有初號機例外，初號機的原型使用的是莉莉絲。
而駕駛EVA需要有與機體進行神經鏈接才能行動，同步率要達到一定程度才能進行駕駛，而同步率越高就越協調，具有更強的戰鬥力和靈活性，而同步率的高低也具有苛刻的條件。
零號機駕駛員綾波麗，她的靈魂是第二使徒莉莉絲，因此可以與EVA同步。
初號機駕駛員碇真嗣，他的母親碇唯的靈魂就在初號機裡，第一次登上初號機就有41.3%的同步率。
（TV版21 話《ネルフ、誕生》碇唯在初號機的實驗中消失）
二號機駕駛員明日香，她的母親在EVA製造過程中出現事故，最終發瘋自殺，其真實原因是一部分靈魂留在了二號機中，所以她的同步率也很高。
（TV版22 話《せめて、人間らしく》明日香母親對明日香產生認知錯誤）
渚薰可以輕易駕駛EVA，是因為他的靈魂屬於亞當，而除了初號機之外的EVA本來就是亞當的複製體。
時間線（主要來源於21 話《ネルフ、誕生》）
46億年前，“白之月“亞當降落。產生3—16使徒。
40億年前，“黑之月“莉莉絲降落，帶來Lllin和其它生物。第一次衝擊。
1947年，以基爾·洛倫茲為首的Seele組織於發現了死海文書，並通過破解它瞭解到關於使徒和補完的信息，並以此制訂了人類補完計劃，同時設立了用於具體執行的特殊機關Gehirun組織（Nerv組織的前身）。
（古卷殘片）
1999年，碇唯（主角真嗣的母親），她在1999年的研究報告引起了形而上生物學教授冬月耕造的注意，也結識了同校的另一名學生：六分儀源堂（真嗣的父親），二人迅速開始交往並結婚，六分儀源堂入贅，改名為碇源堂。
2000年8月，Seele在南極發現了沉睡的亞當，隨即派出以葛城博士（美里的父親）為首的南極科考隊進行研究，亞當的存在也證明了博士曾經提出的S2機關理論；與此同時，Seele從死海中打撈出朗基努斯之槍，將其運往南極，準備下一階段的實驗。
2000年9月13日，南極科考隊將人類的雙螺旋基因注入到亞當體內導致其暴走，即使是朗基努斯之槍也無法阻止。甦醒的亞當化身為白色巨人，張開的翅膀遮天蔽日，巨大的爆炸讓南極化為血海，席捲全球的次生災害導致半數人類喪生，甚至造成了海平面上升和地軸偏轉，日本因此處於全年夏天。這場堪比恐龍滅絕的浩劫被人們稱為第二次衝擊（Second Impact），在災難爆發時期，對女兒缺少關愛的葛城博士在生命最後一刻捨棄自己生存的機會將女兒葛城美里送進了求生艙，並留下了葛城美里一直佩戴的十字架，目睹一切的葛城美里陷入了長達數年的失語症，作為Seele勢力的碇源堂提前撤離了南極，衝擊結束後前去回收亞當的肉體，順便救下了美里；亞當的靈魂則衍生出一位名叫渚薰的少年，同時也是第十七使徒自由天使，同樣被Seele收容。
碇源堂在第二次衝擊前一天帶回去的資料
目睹第二次衝擊患上失語症的葛城美里
2001年，碇源堂和碇唯的兒子碇真嗣誕生，惣流·明日香·蘭格雷等EVA駕駛員也在這一年出生，故事進入下一階段。
2003年，聯合國完成了南極事件的調查，Seele也發現了位於箱根地下的莉莉絲，並利用當初黑之月降臨產生的巨大空洞建造了一座地下都市，作為人工進化研究所的基地，Gehirun的成員也都轉移到這裡。冬月教授曾追查到此地，得知真相後決定協助碇源堂完成計劃。
與此同時，Seele開始模仿亞當製造人形兵器EVA。經過無數次的實驗，終於製造出一臺沒有靈魂的原型機，也就是EVA零號機。隨後Seele切下了莉莉絲的半身，並將其改造為EVA初號機，碇唯作為計劃的主要負責人參與了整個事件。
2004年，碇唯進行了初號機啟動實驗，然而實驗失敗了，碇唯的靈魂和初號機融合，肉體徹底消失，碇源堂嘗試各種方法也沒能挽回。年幼的真嗣目睹了一切，但由此產生的心理障礙反而讓他失去了這段記憶。
2005年，走出失語症的葛城美里進入了第二東京大學，並結識了赤木直子博士的女兒赤木律子，隨後又和加持良治相識並戀愛。與此同時，Seele開始在空洞上方的地表建造迎擊使徒專用要塞都市：第三新東京市。
2008年，赤木直子博士完成了超級人工電腦MAGI的基礎理論。律子也跟隨母親的腳步加入研究所，成為主要執行人。次年，美里也加入了研究所。另一邊，碇源堂正在利用碇唯的DNA製造複製人綾波麗，並將莉莉絲的靈魂封入其中，為補完計劃做準備。
（科學家、母親、女人）
2010年，MAGI完成的當天，碇源堂帶著第一代綾波麗來到研究所，赤木直子在受到其言語挑釁後失控掐死了一代麗，自己隨後跳樓自盡。人工進化研究所在此次事件後改編重整為Nerv組織，葛城美里擔任作戰部部長，赤木律子擔任技術部部長。
2012年，真嗣在碇唯的陵墓時和碇源堂爆發衝突，自此離家出走，前往親戚家寄宿，再也沒有和父親見面。2014年，二代綾波麗轉學進入新第三東京市立第一中學二年級A班，鈴原冬二、相田劍介等EVA駕駛員候補也在同一班級。
2015年，第三使徒薩基爾（水天使）為了與亞當融合而襲擊第三新東京市，真嗣也在碇源堂和美里的引導下來到Nerv總部，成為初號機的駕駛員，EVA的故事由此開始。
寫在最後， EVA大多數的角色都是代表了一個社會群體角色或者一種隱喻的形象，也就是大多數觀眾所感受到到的“不正常”，其實這與其說是一部戰鬥番，將其表達為一部生命體發現自己的不完美且感受到自己內心的缺陷並進行自己與自己、自己與世界的探究的作品更為恰當。
EVA這部作品最大的藝術成就在於在品讀的時候獲得思考和啟發，包括心理學認知亦或是對世界的思考。
“你知道的，EVA就是一個迷。任何人都可以看到它並給出自己的答案。換句話說，我們為觀眾提供了自己思考的方式，以便每個人都能想象自己的世界。對於許多觀眾來說，他們可能希望我們提供一個關於《EVA》的完全解讀手冊，但沒有這樣的東西，不要指望得到別人的答案。不要期望一直都能滿足自己的需求，我們都必須找到自己的答案。”
——庵野秀明在1996年11月的《Newtype》雜誌訪談
我覺得當我們遇到讓我們動容併為之讚歎的作品，包括文學、電影、遊戲、動畫等，肯定是某些隱藏在它們之中的吶喊與我們每個人獨特的靈魂的某一處產生了共鳴，感受到了它的美與力量。我很怕到我忙碌時我回想起來卻只剩麻木早已忘卻這一份感動。我很想很想記錄下這一份悸動，我想聽一下在各位心中曾留下過足跡的作品，並是哪一部分美與情愫讓你熱愛，以便讓我也學會去鑑賞不同的作品，感受到不同的洞天。