少年神將傳中的副本分為四種：普通副本、精英副本、每日副本、征戰副本。每個副本都有對應的開啟條件，當達到開啟條件後則會開放對應的副本。
【普通副本】
普通副本是遊戲開始階段就伴隨著我們的主線副本，有豐富的劇情，可以讓你切身體驗少年神將傳的世界。普通副本有眾多章節，需要通關當前章節才可以開啟下一章節！
每個章節有十關，只有擊敗了當前關卡才能挑戰下一個關卡，每個關卡根據你的戰鬥情況會進行星級評分，最高評分為三星。集齊一定的星星就可以開啟寶箱，獲得豐富的元寶、金錢和物品獎勵。通過至一定的關卡數會開啟新的場景。
【精英副本】精英副本的開啟條件是主公等級達到55級，相較於普通副本來說：精英副本的怪物更加強力，且每個章節只有4個關卡，每次挑戰需要花費更多體力。精英副本每天的12點、18點、21點會在滿星章節隨機刷新強敵，只要擊敗強敵就可以獲得豐厚的覺醒道具。所以努力的把每個章節刷滿星就可以獲得更多擊敗強敵的機會，從而獲得更多的覺醒道具。
【每日副本】每日副本有多種不同類型的副本，每個類型的副本會在不同的日期開啟，產出不同的固定資源，銅錢、經驗書、進階丹、寶物進階石、經驗配飾、裝備精煉石、配飾精煉石。副本同樣有難度區分，不同的難度根據自己的戰力，能夠獲取的獎勵也不同，只有完全擊敗守軍且到達對應的等級，才會開啟新的難度。
不過這裡有個技巧，因為每當你成功闖關一個難度並且跳級下一個難度時，系統會獎勵你一次挑戰次數，這時候最好不要立刻挑戰新的難度，因為你不一定打的過，效率低會導致獲得的獎勵少於上一個難度所能獲得的獎勵。【征戰副本】
征戰副本需要玩家通關指定的普通副本後，才會開啟較高難度的副本。征戰副本每天會有挑戰次數限制，通關獎勵也非常豐厚，會獎勵玩家大量的進階丹、裝備精煉石等道具。
