（篇幅較長，請耐心看完）
2013年,隨著第三次世界大戰的爆發，瘋狂的核打擊讓世界秩序完全崩潰，美俄兩個超級大國也未能倖免，這場核戰致使俄羅斯約有1.4億人喪命，剩餘的俄羅斯人也因核輻射死傷無數。過量的輻射物質通過大氣循環傳播到了地球上每一個角落，爆炸生成的粉塵在天上形成了厚厚的雲層，太陽光無法穿透雲層到達地面，地球上的動植物幾乎滅絕。為了尋求生存，人們逃往莫斯科地下的地鐵站中試圖躲避這場災難。
2033地鐵導覽圖
然而地表上某些倖存的人類在輻射的影響下變異成了“黑怪”，它們四肢狹長，長臂垂膝，深棕色的皮膚可以幫助它們更好地抵禦核輻射，整張臉被扭曲成外星人的模樣，嘴巴也變成了類似於昆蟲一樣的下顎，在嚴酷的地表環境裡，黑怪的身體可以很好地適應低溫和輻射。變異使黑怪喪失了語言能力，它們通過心靈感應來和周圍的同類交流，黑怪可以利用心靈感應在其他動物的腦海中形成幻象，這可以幫助它們引導獵物或是恐嚇敵人。但是這種交流對於人類而言卻是一種極大的負擔，黑怪的心靈感應可以瞬間摧毀人類的大腦，人類誤以為它們是極具攻擊性的變異生物。
黑怪
戰爭摧毀了軍工業和貨幣系統，為了抵禦外敵和擴張站點，地鐵裡的人們利用手頭材料製作出了武器和彈藥，但是製造出來的“土槍”經常卡殼，需要及時清理才能維持槍械的壽命。而戰前生產的軍用子彈經久耐用，相比於“土彈”擁有更高的威力，久而久之軍用子彈逐漸演變成了地鐵裡的流通貨幣。
軍用子彈
躲進地鐵裡的人們在意識形態或武力威脅下產生了不同的派系，即使是在核戰後的末日裡，倖存的人們也沒有團結成一個整體，反而會因為資源和地盤大打出手。
紅色戰線（紅線） - 由前蘇聯斯大林的支持者組建形成的勢力，他們擁有地鐵勢力中最多的人口，在任何時候都可以快速組建起一支戰鬥部隊，紅線意圖聯合地鐵站裡的所有人，建立一個戰前的社會主義同盟。出於此番願景，紅線開始大肆擴張，利用人口優勢不斷髮動戰爭，因此和第四陣營展開了長期的戰鬥。數量眾多的人口為紅線提供了發動戰爭的資本，但是絕大部分士兵都是緊急徵召上來的普通人，他們缺乏戰術素養和最基本的戰鬥技巧，裝備方面也僅有一身簡陋的軍裝和一杆從前線撿回來的土槍，紅線通常依靠人海戰術來獲取戰爭的主導權，這些人大多數時候只是被派往前線充當阻擋第四帝國進攻的炮灰。紅線還有一支裝備精良的特種部隊，他們往往在遠離前線的位置，只有當前線告急的時候才會被派往參加戰鬥。
紅線士兵
外部戰火不斷，內部同樣是苦不堪言。紅線內部實行高壓政策，領導人通過不斷的洗腦話術來控制底層的民眾，讓他們誤以為自己被派到前線上的丈夫或兒子都是“為國捐軀”。然而眾多的人口也導致了食物的極度短缺，人們往往為了一口飯就向衛兵舉報自己的鄰居，所有人都活在監視和被監視之中，許多年輕人為了混口飯吃被迫走上了當兵的道路。地鐵裡一直流傳著關於紅線的傳說——“去盧比揚卡站的車票總是單程票”，因為到了紅線了之後大部分人的命運已經註定，要麼被派往前線戰死，要麼被無休止的勞作累死，最後一個就是活活餓死。
戰前準備
第四帝國（新納粹） - 第四帝國是個傳統的軍國主義的派系，受二戰希特勒的影響，他們將自己命名為“第四帝國”。相比殺死地鐵裡的變異生物，他們更熱衷於對其他種族的清洗運動，第四帝國的領導人“首領”和希特勒一樣，非常認可種族主義這種荒謬的思想。為了擺脫輻射帶來的基因惡化和延續俄羅斯人的純正血統，第四帝國將所有殘疾人列為“二等公民”，等待他們的只有死亡。過於嚴苛的法條讓生活在第四帝國裡的居民人人自危，稍有不慎就會被丟進集中營裡嚴刑拷打，問題嚴重者還會被判處死刑，不過居民們對於這些暴行卻知之甚少，這要歸功於首領的種族主義和強大的洗腦能力。
帝國旗幟
相比於紅線良莠不齊的士兵，第四帝國則顯得更加專業，他們配備有統一的作戰服和頭盔，絕大多數士兵都會配發一把AK步槍。第四帝國還擁有類似於坦克的裝甲軌道車，在與紅線的戰鬥中讓其損失慘重。為了防止紅線攻打盧比揚卡站，第四帝國炸燬了通往外界的隧道，巨大的爆炸引發了洪水，瞬間吞沒了第四帝國的根據地，從此整個第四帝國下落不明。
帝國士兵
環線共同體（漢莎） - 漢莎作為擁有地鐵站裡規模最大的交易市場的勢力，這裡水電供應齊全，每天都有無數人來此買賣商品。起初商人們只是把這裡當做躲避怪物的落腳點，彼此之間做點小生意，後來隨著到來此地的人越來越多，漢莎在很短的時間內就發展成了最具影響力的派系之一，他們還佔領了所有線路上的環線車站，並將它們連成一個閉環，所有來此交易的車輛在經過漢莎勢力的收費站時，都要上繳一定的過路費才能通過。他們還搶救了不少的電腦和醫用器具，試圖將科技恢復至戰前水平。
漢莎車站
為了保護自己的財產不被其他勢力吞併，漢莎擁有一支五千多人的戰鬥部隊，並且採取了嚴格的出入管控，任何人來到漢莎後必須經過嚴格的檢查，還需要上交自己的武器才能進入站點內部，武器會在離開後交還給本人。許多從紅線和第四帝國逃出來的難民試圖進入漢莎避難，卻遭到了漢莎無情的拒絕，最終只能慘死在隧道里。
漢莎
斯巴達遊騎兵 - 遊騎兵的大多數成員均來自俄羅斯軍隊或特種部隊，他們作戰經驗豐富，擅長使用各種武器，在地鐵裡打擊強盜和土匪，獵殺變異生物，保護民眾的生命財產安全。曾經有一個土匪親眼目睹了一名遊騎兵殺穿了他們的前哨站，高超的戰鬥技巧使得遊騎兵們在面對任何敵人時都遊刃有餘。在佔領D6之前，他們暫時將波利斯當做根據地，依託波利斯龐大的知識儲備和專業人員，遊騎兵們的武器能夠得到最大程度的養護，並且還能瞭解到許多戰前的科技裝置。
莫斯科國家圖書館裡的遊騎兵
波利斯（城邦） - 戰後秩序的重建讓許多科學家和藝術家喪失了謀生的手段，他們自發地來到波利斯尋求庇護，只有在這裡他們的價值才得以體現。波利斯保留了大量的戰前的知識和技術，它的上方正是莫斯科國家圖書館，這裡被認為是人類最後一座的知識燈塔，地鐵裡所有人都對波利斯極其尊重，如果波利斯一旦失守，這些流傳了幾千年的人類文明將不復存在。
波利斯
一、《地鐵2033》
地鐵2033
阿爾喬姆出生於一個並不富裕的俄羅斯家庭，在他生出後不久父親便不知所蹤，從此他只能和母親相依為命。核戰爆發時母子倆正在參觀植物園，母親帶著年僅四歲的阿爾喬姆躲進了植物園旁邊的地鐵站裡。一年後的某天裡，一群變異的老鼠襲擊了倖存者們的站點，從此老鼠便成了阿爾喬姆揮之不去的夢魘。在一片混亂中，母親抱起阿爾喬姆，把他託付給了一位正在維持秩序的俄羅斯軍官亞歷克斯，或許是孩童稚嫩的臉龐打動了亞歷克斯，又或許是亞歷克斯的良知告訴他必須這麼做，亞歷克斯接過阿爾喬姆把他帶到了展覽館站並撫養成人。長大後，阿爾喬姆特別喜歡收集核戰爆發前的明信片，試圖從上面窺探到人類之前的城市和生活。
阿爾喬姆
年幼時阿爾喬姆和夥伴們跑到植物園站冒險，這裡早已變成了黑怪和變異生物的巢穴。當他們打開緊閉的大門後，頭頂深邃的天空第一次映在了小阿爾喬姆的眼中，此時躲在角落裡的變異生物襲擊了他們，兩名夥伴扔下阿爾喬姆倉皇逃命。就在他奄奄一息時，一隻黑色的大手伸過來救出了阿爾喬姆，黑怪通過心靈感應在阿爾喬姆的腦海中幻化成他母親的模樣安撫他，並且告訴阿爾喬姆他就是天選之子。這次短暫的相遇讓阿爾喬姆可以抵禦黑怪心靈感應帶來的副作用，隨即小阿爾喬姆跑回了展覽館站。
小阿爾喬姆與黑怪
時間一晃來到了2033年，某天早晨亞歷克斯打斷了正在觀看明信片的阿爾喬姆，告訴他獵人馬上就要過來了，讓他拿上武器前去接應獵人。父子二人與獵人成功匯合後，獵人告訴阿爾喬姆展覽館站最近頻頻遭到黑怪和變異生物的襲擊，許多被派出去的巡邏隊員都死在了它們手上。正當三人談話之際，躲在通風管道里的怪物襲擊了眾人，在一番苦戰過後三人暫時打跑了怪物，不料此時外面傳來黑怪攻破圍牆的消息，阿爾喬姆跟隨亞歷克斯和獵人來到屋外勘察情況。在簡單地掃了幾眼後，獵人決定獨自一人前往展覽館站北面繼續追擊黑怪。臨走時獵人把自己的狗牌交給阿爾喬姆保管，並叮囑他如果第二天自己沒回來，就拿著這個狗牌到波利斯找一個叫米勒的人尋求幫助。
獵人
和養父告別後，阿爾喬姆踏上了前往波利斯的道路。他乘坐商人們的軌道車穿過隧道時，不出意外地遭到了怪物們的襲擊，在損失了一名同伴後，阿爾喬姆抵達了里加站。在里加站，有一個小孩跑過來告訴阿爾喬姆有人找他，此人名叫波旁，他有一些生意需要前往乾涸站，由於隧道坍塌無法乘坐交通工具，不過自己知道一條小路可以到達乾涸站，事成之後他會把自己的AK-47作為報酬送給阿爾喬姆，阿爾喬姆同意了波旁的請求。途中在經過下水道時，阿爾喬姆的眼前開始出現幻覺，正當他快要支撐不住的時候，黑怪再次拯救了他。
波旁
二人順著通風管道來到了乾涸站，波旁剛跳下去就被當地土匪逮了個正著，土匪首領逼問波旁還有誰跟著他一起來的，波旁掏出武器殺死了首領，卻也被首領射傷倒地，躲在通風管道里的阿爾喬姆看到了這一幕，急忙跳下來查看波旁的傷勢。這時一個神秘人出現在阿爾喬姆眼前，神秘人自稱名叫“可汗”，可汗示意阿爾喬姆土匪的同夥馬上就要趕來這裡，他建議儘快離開此地。
可汗
可汗帶著阿爾喬姆來到了一處隧道，隧道里阿爾喬姆看到了那些在戰爭中逝去的靈魂，一輛幽靈地鐵呼嘯著從他的面前經過，彷彿在訴說著曾經的繁華。在可汗的帶領下，他們二人來到了一處被詛咒的廢棄車站，可惜這裡早已被怪物們攻破，只剩下幾個巡邏隊員還在苦苦支撐，阿爾喬姆拿起剩餘的炸藥，炸斷了怪物們進攻的隧道。可汗決定留在此地幫助幾人打掃戰場，他告訴阿爾喬姆穿過紅線和第四帝國的地盤尋找一個叫安德魯的鐵匠，安德魯會幫助他前往波利斯。
幽靈列車
阿爾喬姆獨自一人來到了軍械庫，駐守在這裡的紅線士兵以間諜罪拘捕了他，正當紅線士兵審訊阿爾喬姆時，旁邊一個陌生人推開了紅線士兵，帶著阿爾喬姆逃了出去。眼看身後的紅線士兵越來越多，阿爾喬姆突然被一隻手拽進了屋子裡，屋主告訴阿爾喬姆自己正是他要找鐵匠安德魯，安德魯計劃讓阿爾喬姆穿上紅線士兵的衣服，混在紅線運送士兵的列車上逃出去。阿爾喬姆躲在列車下面的行李架上，車廂裡一位年輕的新兵正在詢問老兵發給他們的黑色膠囊是什麼，老兵告訴他這是氰化物，防止被敵人俘虜後嚴刑逼供，新兵感嘆道自殺的人是無法前往天堂的，老兵卻說新兵如果不要這個膠囊就給他，他寧願自殺也不要爛死在俘虜營裡。隨著列車緩緩駛入站點，阿爾喬姆來到了紅線與第四帝國交戰的前線上。
安德魯
從車底出來的阿爾喬姆穿過前線，來到了第四帝國的站點，納粹士兵抓住了他並準備將他處死。千鈞一髮之際，遊騎兵烏爾曼和帕維爾闖進屋裡，在解決掉兩名納粹士兵後將阿爾喬姆救了下來，阿爾喬姆拿出帶在身上的獵人的狗牌，烏爾曼提議讓阿爾喬姆和帕維爾穿上納粹的衣服混過檢查站，三人約定在黑站集合。結果帕維爾在與納粹軍官交談中被識破，數量眾多的納粹士兵乘坐裝甲軌道車對二人展開追擊。
烏爾曼
一番交戰過後二人甩掉了身後的納粹士兵，軌道車沿著鐵軌緩緩地行進，伴隨著車輪撞擊鐵軌的“哐當”聲，倆人逐漸平靜了下來。本以為逃過一劫的阿爾喬姆和帕維爾，不料卻是剛出虎口又入狼窩，隧道深處隱約間傳來怪物的嘶吼聲，廢棄在站臺兩旁的列車早已成為了怪物們的樂園，果不其然二人遭到了大量變異生物的攻擊。為了將阿爾喬姆成功送到黑站，帕維爾跳下軌道車和怪物們同歸於盡。
帕維爾
再次孤身一人的阿爾喬姆來到了前哨站，在這裡他遇見了一支正在掩護民眾撤退的小隊，隊長告訴阿爾喬姆他們叫地鐵之子，並要求阿爾喬姆也參與其中。很快怪物們就對這裡發起猛烈的進攻，雖然地鐵之子暫時阻擋住了怪物們的進攻，卻也付出了極其慘重的代價，小隊成員全軍覆沒，奄奄一息的隊長請求阿爾喬姆爬上無線電信號塔，把這個消息帶到波利斯。安頓好隊長後，阿爾喬姆在角落裡發現了一個小男孩，只見他的叔叔倒在一片血泊之中，小男孩名叫薩沙，阿爾喬姆決定帶上薩沙出發去尋找他的母親。
地鐵之子
薩沙對這一片區域很熟悉，在他的指引下阿爾喬姆穿過了怪物的巢穴，在附近的一個定居點找了他的母親，薩沙的母親對於阿爾喬姆的行為十分感激，她執意要將身上的軍用子彈全部送給阿爾喬姆，阿爾喬姆卻擺了擺手選擇拒絕。當地民兵告訴阿爾喬姆，這裡通往黑站的隧道已經坍塌，他需要穿過第四帝國的地面哨站才能抵達黑站。來到地面上的阿爾喬姆利用屋頂處的木板躲過了納粹的視線，最終在黑站和烏爾曼成功匯合，二人搭乘軌道車前往波利斯。
薩沙
到達波利斯後，阿爾喬姆見到了遊騎兵的指揮官——米勒上校，他將獵人的事情和盤托出，米勒聽後決心要阻止黑怪繼續進攻展覽館站，但是這件事情還需要召開議員會議才能確定，莫斯科地鐵被多方勢力所佔領，其背後的關係更是錯綜複雜，並不是他一個小小的上校所能決定的。會議上大多數議員否決了米勒的提議，他們認為展覽館站只不過是一個偏遠的小站，不值得為此冒險。米勒對此很生氣，他告訴阿爾喬姆附近有個叫D6的導彈基地，可以利用裡面的導彈徹底摧毀黑怪們的巢穴，但是由於年代久遠，已經沒有人知道如何進入D6，阿爾喬姆需要到地面上的圖書館中搜尋有關於D6的資料。
米勒
凜冽的寒風吹過郊外的大地，莫斯科國家圖書館靜靜地佇立在阿爾喬姆的面前，正當他準備進入圖書館時，耳邊卻傳來了怪物的低吼聲，怪物們一擁而上把他圍在中間，陷入苦戰的阿爾喬姆一時間無法脫身，所幸米勒和丹尼拉及時趕到替阿爾喬姆解了圍。槍聲引來了魔鬼的注意，只見它揮舞著兩個巨大的翅膀試圖衝進圖書館襲擊三人，丹尼拉不幸被魔鬼摔傷，米勒只得扶起他返回波利斯，臨走時米勒囑咐阿爾喬姆讓他一定要小心圖書管理員。圖書管理員是一種生活在圖書館裡的大型變異生物，它們的樣貌類似於大猩猩，依靠敏銳的聽覺和嗅覺來追蹤獵物。阿爾喬姆一路潛行來到了地下軍事檔案庫，在這裡找到了D6的資料和地圖，米勒和烏爾曼開車前來接走了阿爾喬姆。
圖書管理員
回到教堂後，阿爾喬姆再次遇到了可汗，與獵人的“非我族類，其心必異”不同，他認為人類或許可以和黑怪和平共處，阿爾喬姆是唯一一個能夠承受心靈感應的人類，可以作為人類與黑怪之間溝通的橋樑，他希望阿爾喬姆能夠慎重考慮這一決定。眾人前往D6的途中，阿爾喬姆再次陷入了幻覺之中，幻覺裡黑怪向阿爾喬姆傳達了想要與人類平共處的訊息，這時耳邊傳來隊友的呼喊聲，阿爾喬姆這才從幻覺中醒了過來。
黑怪
隨著閘門緩緩升起，一股腐臭的血腥味撲面而來，躲在黑暗裡的怪物們紛紛向眾人發起攻擊，好在遊騎兵們作戰經驗豐富，不多時便將怪物們全數擊殺。來到D6後，眾人都被D6內部宏偉的構造震撼住了，一名遊騎兵憑藉著之前服役的經歷找到了還未發射的導彈，這時突然的停電打斷了眾人的喜悅，只有重啟反應堆才能為導彈發射提供足夠的電力。阿爾喬姆和米勒來到了反應堆所在的地下室，此時一隻體型巨大的怪物擋住了二人的去路，它腐爛的身體趴滿了整個反應堆，不斷地朝二人噴射腐蝕性液體，最終阿爾喬姆利用升降機成功啟動了反應堆。
怪物
回去的路上，米勒望著導彈發射基地出神，如果一切順利，導彈摧毀了黑怪的巢穴，那麼這一切的犧牲都是有價值的，人類可以重新回到地面上開始新的生活，他似乎是在對阿爾喬姆說，又似乎是在自言自語。阿爾喬姆拿起激光制導裝置，乘坐地鐵準備前往奧斯坦克諾塔頂發射導彈。二人剛從地鐵站裡出來就陷入了怪物們的包圍圈，趁著怪物喘息的間隙，阿爾喬姆和米勒衝出了包圍圈。前往塔頂的路上，米勒不幸被一隻魔鬼抓傷，他癱坐在地上氣喘吁吁，剩下的路只能由阿爾喬姆一個人完成。
米勒
當得知人類即將發射導彈摧毀自己的家園時，黑怪們再次入侵阿爾喬姆的意識，試圖說服他不要發射導彈，它們願意與人類和平共處，並且幫助人類重回地面。在意識的盡頭，阿爾喬姆看到了獵人，獵人把自己的手槍交給阿爾喬姆，並對他說“如果它們有敵意，你就殺了它們”。歷經千辛萬苦後阿爾喬姆終於爬到了塔頂，他將激光制導裝置放好，對準了前方的廢墟。
獵人
隨著遠處升起的三枚導彈，黑怪們的家園瞬間被夷為平地，阿爾喬姆深吸一口氣，此時的他需要一杯熱咖啡，一張舒服的床，一個沒有被核戰摧毀的世界。
消滅黑怪
二、《地鐵：最後的曙光》
地鐵：最後的曙光
黑怪事件告一段落後，米勒帶領著遊騎兵們佔領了D6，這裡擁有充足的物資儲備，還有戰前先進的科技裝備，遊騎兵們加固了D6的防禦設施，終於在地鐵裡站穩了腳跟，此時的阿爾喬姆也成為了一名正式的遊騎兵隊員。某天，被噩夢驚醒的阿爾喬姆躺在床上回想起一年前發生的事情，這時可汗走了進來，他告訴阿爾喬姆在黑怪的巢穴附近發現了一隻小黑怪，作為唯一一個能和黑怪交流的人類，可汗相信只有人類和黑怪和諧共處才是未來發展的方向，他希望阿爾喬姆能將這個消息帶給米勒上校，讓米勒派兵前去營救這個小黑怪。
可汗
二人乘坐電梯來到了指揮室所在的樓層，在電梯上，阿爾喬姆通過烏爾曼和其他遊騎兵的交流中得知，賴斯尼特斯基駐守的實驗室被洗劫一空，本人也不知所蹤，烏爾曼調侃到米勒一定會因為這件事給他安個新器官。指揮室裡米勒正忙著部署各項任務，出身於傳統軍人的他自然是無法容忍黑怪的存在，於是沒等可汗把話講完就將他轟了出去，米勒讓狙擊手安娜協助阿爾喬姆前往地面擊殺黑怪，並警告他不要試圖和黑怪建立精神聯繫，否則他就是安娜的下一個目標。
米勒
陽光透過雲層灑在了廢墟上，地表過量的輻射讓二人不得不帶上防毒面具。安娜讓阿爾喬姆去追蹤小黑怪的蹤跡，自己則會在高處給予致命一擊，在空了幾槍後安娜終於打傷了小黑怪，阿爾喬姆跑上前去抓住了它。同樣得到消息的納粹士兵埋伏在此，他們趁機搶走了小黑怪，還順便將阿爾喬姆打暈帶了回去。
小黑怪
納粹將抓到的幾人關在俘虜營裡審訊，其中一名漢莎公民因為頭骨不符合完美基因的比例，當場就領了盒飯，身旁的男人看到自己的同伴被殺，偷偷用藏在身上的匕首割斷了繩子，在阿爾喬姆的配合下，男人將匕首狠狠地刺入納粹軍官的胸膛。解決完眼前的麻煩後，男人介紹自己名叫帕維爾，是一名紅線的士兵，帕維爾認出了阿爾喬姆是一名遊騎兵，決定帶上他一起越獄。他們穿過囚犯集中營後混進了一處集會，會場上首領正在發表慷概激昂的演講，首領宣稱已經確定了D6的具體位置，裡面的物資足夠第四帝國稱霸整個地鐵，全場納粹舉起右臂高呼首領。就在此時，一名納粹打斷了首領的演講，他告訴首領有兩名犯人打傷了守衛，已經越獄逃走了，首領聽後氣不打一處來，命令手下趕緊滾去抓人。帕維爾在人群中開槍製造騷亂，解決掉兩名閘門附近的守衛後，二人跳上軌道車逃了出來。
首領演講
顯然納粹不會輕易放過兩人，納粹切斷了隧道里的電源，躲在黑暗裡的變異蜘蛛蠢蠢欲動，阿爾喬姆拿出身上的打火機燒掉了一層又一層的蜘蛛網，帕維爾提醒他這種怪物怕光，用手電筒照它或許比用槍更管用。穿過蜘蛛巢穴後，二人乘坐升降機來到了地面上，他們在荒地裡發現了一架飛機的殘骸，來到飛機上的阿爾喬姆眼前閃過了這架飛機失事前的幾分鐘，所有乘客們尖叫的看著飛機墜入火海之中。或許是飛機上的怨氣太重，帕維爾陷入了死者生前的記憶裡無法自拔，他不受控制的摘下了自己防毒面具後止不住地咳嗽，阿爾喬姆趕來幫他把防毒面具重新戴好，隨後二人踏上了前往劇院站的道路。
帕維爾
劇院站裡充斥著形形色色的人群，一位坐在入口處的乞丐叫住了阿爾喬姆，他感嘆道曾經的藝術跟著核彈一起爆炸消失了。帕維爾請客和阿爾喬姆吃了一頓飯，餐桌上他對著阿爾喬姆大肆談論紅線制度的優越性，這裡一切平等人人自由，雖然人民的生活比較艱苦，但是卻沒有乞丐和流浪漢。不知何時帕維爾身後出現了兩名持槍的士兵，士兵們將阿爾喬姆押送到了劇院內部，在這裡他見到了紅線的將軍——科爾布特，還有之前監守自盜的叛徒——賴斯尼特斯。
科爾布特
阿爾喬姆沒想到背叛來的如此之快，上一秒還在並肩作戰的兄弟，下一秒就變成了紅線陣營的高級長官。審訊室裡，科爾布特將軍威脅阿爾喬姆讓他交出有關於D6的情報，為了儘快獲得情報，他給阿爾喬姆注射了吐真劑。恍惚間，阿爾喬姆聽到科爾布特將軍正在給帕維爾佈置任務，讓他前往威尼斯站將小黑怪抓回來，他們要利用小黑怪製造新的生物武器。
科爾布特和帕維爾
不知昏迷了多久的阿爾喬姆在一聲怒罵中驚醒，紅線總書記摩斯克芬的兒子來到了審訊室，他很看不慣自己父親的做法，為了情報就刑訊逼供，為了權利鬥爭就給全體紅線市民洗腦，他解開了阿爾喬姆身上的鎖鏈，並告訴他可以通過通風管道逃出去。躲在通風管道里的阿爾喬姆聽到了摩斯克芬和科爾布特之間的談話，表面上是總書記的摩斯克芬其實暗地裡一直在被科爾布特操縱。科爾布特警告摩斯克芬，既然他可以幫助摩斯克芬坐上總書記的位置，那麼換一個更聽話的人坐上這個位置也不是什麼難事。阿爾喬姆繼續向前爬行，又聽到了科爾布特在給幾名心腹佈置絕密任務，無數的謎團在阿爾喬姆的腦海裡碰撞，他必須要找到這些問題的答案。
摩斯克芬和科爾布特
穿過紅線的陣地後，阿爾喬姆遇到了老熟人鐵匠安德魯，安德魯建議阿爾喬姆先回到教堂，他則託關係把他目前的處境告訴遊騎兵，臨走時安德魯還送給阿爾喬姆一份“大禮”，一輛改裝過的越野軌道車——女王號。阿爾喬姆乘坐女王號來到了一處難民聚集地，解決掉此地的土匪後，在一位船伕的幫助下來到了威尼斯站。
女王號
威尼斯是一個地下汙水河環繞的小島，當地的居民依靠打撈河裡的變異魚蝦維持生計。在這裡，阿爾喬姆遇到了安德魯的線人——西蒙，西蒙提議讓阿爾喬姆先到周圍逛逛，順便和居民們打好關係，注意不要惹到紅線士兵們的注意。阿爾喬姆在妓院裡發現了帕維爾的身影，他趴在列車的門縫上聽到了他們的談話，帕維爾讓手下將病毒已經送到革命廣場站的消息彙報給科爾布特將軍。為了阻止紅線的計劃，阿爾喬姆穿過了滿是紅線士兵的威尼斯站，卻不幸被躲在屋子裡的帕維爾抓住了，阿爾喬姆憑藉著豐富的戰鬥經驗瞬間控制住了局面，結果西蒙此時一腳踹開房門衝了進來，帕維爾抓住阿爾喬姆分神的瞬間逃了出去。
變異蝦
從威尼斯出來的阿爾喬姆來到了一處沼澤地，他找到了一個破舊的輪渡，可惜時間太久渡船裡面早已沒有汽油，加好汽油後阿爾喬姆來到了沼澤的另一端，準備前往教堂將紅線的陰謀告訴眾人。但是沼澤裡的生物們可不會乖乖讓他走過去，這時一隻體型巨大的變異蝦擋住了阿爾喬姆的去路，它堅硬的外殼能夠抵擋大多數子彈的射擊，阿爾喬姆邊打邊跑，在教堂門口隊友們的掩護下成功脫離了危險。
變異蝦BOSS
安娜看到阿爾喬姆走進來後便急匆匆的跑了過來，可能是出於在任務中放棄阿爾喬姆的愧疚，她不再稱呼阿爾喬姆為“小兔子”，但是心高氣傲的她只是簡單的肯定了阿爾喬姆幾句，她相信獵人，所以她也相信他，這只是作為同伴之間的信任。不久後賴斯尼特斯帶著大批紅線士兵殺到了教堂，賴斯尼特斯抓走了安娜作為人質，阿爾喬姆趁亂來到了地下墓穴裡，墓穴裡有一條通往革命廣場站的秘密通道，紅線準備將安娜運往革命廣場站刑訊逼供。昏暗的地下墓穴早已成為怪物們寄居的家園，阿爾喬姆遇到了一隻變異巨獸，在經歷一番苦戰過後終於殺死了它。由於戰鬥中怪物撞斷了不少的石柱，大量的地下水噴湧而出，裹挾著阿爾喬姆把他衝到了革命廣場站。
安娜
革命廣場站裡，紅線士兵以防疫傳染為由正在大量殺害無辜群眾，憤怒的阿爾喬姆選擇和紅線士兵開戰。在隧道的深處，阿爾喬姆看到了被賴斯尼特斯挾持住的安娜，賴斯尼特斯讓阿爾喬姆交出他的防毒面具，否則就一刀殺死安娜。深知人性之惡的安娜讓阿爾喬姆不要顧忌自己，趕緊開槍殺死叛徒，可是阿爾喬姆卻選擇交出自己的防毒面具，賴斯尼特斯見狀一把將安娜推了出去。在回去的路上，二人相互扶持相互依靠，最終被漢莎的士兵救了下來。
賴斯尼特斯
二人得救後被暫時安置在了病毒隔離點，預感到自己命不久矣的安娜選擇敞開心扉，向阿爾喬姆表達了自己的愛意。一夜過後，曾經的小野貓變成了溫順可愛的家貓，看著正在接受檢查的安娜，阿爾喬姆不由得心頭一緊。旁邊的漢莎軍官詢問醫生能否將病毒的病原體提取出來，醫生解釋道這是一種武器級別的病毒，在造成大範圍感染後逐漸降低自己的毒性，一般情況下很難通過提取病原體來確定病毒的源頭。外面漢莎的入口處，士兵們正在挨個檢查隔離人員，以確認是否滿足放行條件，這時可汗走了過來，他很慶幸阿爾喬姆沒有感染上病毒，現在他們必須要去解救小黑怪。
成長
D6裡豐富的物資儲備使得各個勢力都對其虎視眈眈，人性的貪婪在此刻暴露無遺，和平協議在此刻看來也只不過是一張廢紙，可汗預測很快就會有一場戰爭，而小黑怪正是阻止這場戰爭的關鍵。阿爾喬姆跟隨可汗來到了命運之河，這條河可以洗去人之前犯下的罪孽，重新掌握自己的命運，如果懷著某種強烈的意願進入此河，那麼命運之河就會把他帶向某處，在河水裡阿爾喬姆看到了正在發射導彈時的自己，看到了和安娜一起抓捕小黑怪時的自己，看到了黑怪們曾經的家園。最後，他看到了燃起熊熊大火的列車，看到了列車上面無助的小黑怪。這一次，他不再猶豫，飛身救下了正在下墜的小黑怪。
小黑怪
小黑怪可以感應到周圍敵人的位置，在小黑怪的幫助下，阿爾喬姆穿過大橋來到了一處倉庫裡，這裡早已被紅線士兵圍了個水洩不通，阿爾喬姆不慎被躲在門後的賴斯尼特斯偷襲到，眼看匕首即將插進阿爾喬姆的喉嚨，小黑怪跳到賴斯尼特斯的肩膀上勒住了他的脖子，沒過一會賴斯尼特斯就倒在地上暈了過去。阿爾喬姆在他的記憶裡得知，賴斯尼特斯將D6實驗室裡的病毒偷出來交給了紅線，紅線準備利用病毒佔領D6同時控制住整個地鐵，革命廣場站的事故只不過是一次病毒測試罷了，阿爾喬姆決定前往波利斯將這一陰謀告訴米勒。
賴斯尼特斯
由於阿爾喬姆的行為驚動了紅線高層，紅線立即關閉了所有的車站，只留下一個紅場用於進出通行。阿爾喬姆穿過死城來到了紅場，這裡早已聚集了大批等候多時的士兵，他們瘋狂地向阿爾喬姆發起攻擊，可惜眾不敵寡，全部死在了阿爾喬姆的槍下。帕維爾站在樓上叫囂著要給阿爾喬姆的頭上開個洞，阿爾喬姆也不廢話，一槍就把他撂倒在了地上。此時小黑怪爬了過來，帕維爾以為阿爾喬姆要讓小黑怪殺死他，他大聲地叫嚷著以此來發洩心中的恐懼，小黑怪把手放在他的身體上，看到了科爾布特將軍計劃的全貌。紅線在偵查中發現克林姆林宮下方有一條通往D6的隧道，利用米勒在波利斯召開“和平會議”無法脫身的機會，發動對D6的總攻。或許是想起了曾經的種種過往，阿爾喬姆最終還是選擇救下了帕維爾。
帕維爾
阿爾喬姆帶著小黑怪趕到了波利斯，米勒見到阿爾喬姆後十分高興，他慶幸彼此都還活著。當他看到阿爾喬姆身後的小黑怪時，條件反射般地迅速抬起槍口對準了它，站在一旁的可汗急忙阻止了他，米勒說趁他改變主意打死這個黑怪之前趕緊走，他還是不能接受黑怪，至少目前是這樣。三人來到了一處大門前，小黑怪感應到了門後有大批沉睡的族人們，長久以來自己一直被人類當做異類，它迫切地想要喚醒族人們。
黑怪
米勒帶著小傢伙來到了會議室，小黑怪爬上臺階後一步步朝著摩斯克芬走去。不知為何，面對這個還沒自己膝蓋高的孩子摩斯克芬卻本能地往後退，小黑怪走上前抓住了他的手，摩斯克芬的秘密瞬間暴露在眾人眼中。摩斯克芬的哥哥是紅線的前總書記，科爾布特利用他們兄弟間的嫌隙哄騙摩斯克芬，讓他親手殺死了自己的哥哥，而摩斯克芬也被科爾布特扶植成了新一任的總書記。眼見自己的秘密被公之於眾，摩斯克芬也撕下來偽善的面具，他將科爾布特攻打D6的計劃和盤托出，米勒聽後趕忙召集眾人返回D6抵禦進攻。
和平會議
紅線士兵人數上的巨大優勢讓遊騎兵們陷入苦戰，他們源源不斷地朝D6發起進攻，陷入絕境的米勒決定殊死一搏，他先將D6裡的人們轉移到了波利斯，然後命令阿爾喬姆指揮室一旦被攻破，就引爆炸彈和敵人們同歸於盡，這時一輛列車撞開了D6的最後一道防線，巨大的爆炸讓阿爾喬姆暈了過去。醒來後，阿爾喬姆看到了科爾布特，他正趾高氣昂地站在米勒面前，米勒並未理會他，而是示意讓阿爾喬姆趕緊按下引爆開關。就在他即將按下去的一瞬間，一隻手卻阻止了他，阿爾喬姆抬頭望見了小黑怪的臉。在它的身後，無數的黑怪族人站了出來，幫助遊騎兵們打贏了這場戰爭，拯救了D6，也拯救了整個地鐵。
小黑怪
夕陽下，小黑怪揮手向阿爾喬姆告別，它們離開了莫斯科，世界以痛吻我，我卻報之以歌。或許等到人類不再排斥黑怪的那一天，善意之花會再次開滿這片大地。
道別
三、《地鐵：離去》
地鐵：離去
在D6事件過去幾個月後的某天裡，阿爾喬姆在野外探索時無意間收到了不屬於莫斯科的無線電信號，他打開井蓋來到地下，順著信號的方向追了過去，不料被躲在此處怪物們襲擊倒地。危急關頭，遊騎兵隊員杜克和達米爾趕來救下了阿爾喬姆，他們攙扶著阿爾喬姆回到了D6，看到丈夫回來的安娜既高興又擔心。這時米勒走了過來，他對於阿爾喬姆擅自尋找無線電信號的行為十分不滿，並告誡阿爾喬姆只有地鐵才是人類活下去的最終希望，執著於尋找外界倖存人類的阿爾喬姆並未將此話放在心上，擔心丈夫安危的安娜選擇陪著他一同出行。
安娜
大雪覆蓋下的莫斯科此時顯得尤為靜謐，天空中偶爾傳來幾聲魔鬼的嘶吼聲，剩下只有蓋革計數器的滴答聲，安娜央求著阿爾喬姆和她一起回去，在末世中搜尋一個本就不存在的信號無異於是痴人說夢。正當兩人準備放棄的時候，遠方傳來了火車的鳴笛聲和滾滾濃煙，看著呼嘯而過的火車安娜以為自己身處夢境之中。這時一輛吉普車停在了兩人的面前，安娜以為車裡是前來接應的遊騎兵，結果倆人剛上車就被打昏了過去。醒來後安娜聽到前面的官員正給彙報情況，官員說他們抓到了遊騎兵首領的女兒，車廂裡的兩個陌生人引起了安娜的注意，安娜詢問他們是不是莫斯科本地人，其中一位老婦人說他們來自外面的村莊，這次來莫斯科的目的是尋找這位孩子的父親，結果剛走到莫斯科就被這群人抓了起來。
發現列車
汽車開門的聲音打斷了眾人的談話，士兵們不由分說便把他們從車上拽了下來，緊接著槍殺死了那名老婦人和她的孩子，還沒搞清楚狀況的阿爾喬姆也捱了一槍，失去重心的他從懸崖邊上掉了下去。劇烈的疼痛讓他的眼前開始模糊，他深吸一口氣接著緩緩地站了起來，在檢查一圈後發現自己並無大礙，原來是放在胸口處獵人的狗牌替他擋下了這一槍。看著安娜離去的方向，阿爾喬姆鑽進下水管道來到了一處車站。
阿爾喬姆
車站裡阿爾喬姆看到了正在毆打安娜的指揮官，護妻心切的他上前和指揮官扭打在一起，很快就和安娜控制住了局面，在安娜的逼問下，指揮官說出了事情的真相。核戰爆發以後，前俄羅斯政府秘密組建了一個新政府，他們自稱為觀察者，並將自己隱藏在2號線中，利用無線電干擾器屏蔽掉一切來自外界的信號，確保整個莫斯科地鐵不被外界勢力發現，最重要的是防止地鐵裡的人發現外面的世界。同時觀察者還聯合漢莎勢力，阻止一切想要出逃和進來的人員，抓到以後一律就地處決。觀察者暗中挑唆地鐵中的各大勢力，通過戰爭來控制地鐵人口數量，以防止出現資源短缺或資源過剩的情況。
獵人的狗牌
阿爾喬姆和安娜在指揮室裡遇見了葉爾馬克，這位前漢莎勢力的列車工程師擁有豐富的專業知識，幹了一輩子的火車司機，老爺子對於各種型號的列車都捻熟於心，他提議讓阿爾喬姆二人前往車庫奪取列車，自己在後面找機會跟過去。阿爾喬姆和安娜來到車庫後成功奪下了列車，正當葉爾馬克發動列車準備強行闖卡的時候，一顆閃光彈扔了進來，隨即米勒帶著遊騎兵和漢莎官員衝進列車制服了三人。本以為是簡單的劫車案，萬萬沒想到劫車的竟然是自己的女兒和女婿，眼前的情況讓米勒大腦一片空白，他知道如果帶著阿爾喬姆和安娜回去，等待他倆的只有軍事法庭的宣判。在短暫的思考後，米勒下令將官員扔出去然後全速離開這裡。
米勒
顯然漢莎沒打算放過眾人，他們派出一輛全副武裝的列車準備截停遊騎兵們，漢莎官員將米勒的出逃行為定性為叛國罪，米勒率領遊騎兵們和漢莎展開了激烈的交火，趁此機會阿爾喬姆跳上了漢莎的列車，成功摧毀了漢莎的列車。看到阿爾喬姆平安無事，安娜激動地衝過來抱住了他。
安娜
身後已無退路，而日子還得繼續過下去。米勒將觀察者的事情告訴了眾人，安娜對於父親不關心阿爾喬姆的行為十分生氣，米勒讓阿爾喬姆留心下無線電頻道，說不定會有“方舟”發來的信號。不多時阿爾喬姆便收到了方舟發來的無線電信號，米勒聽後將目標定在了烏拉爾山脈附近的的亞曼托地堡。作為一名傳統的軍人，米勒不曾忘記過自己的國家，他要趕到方舟裡向國家領導人彙報目前的情況。此時距離亞曼托地堡還有較長的路程，為了緩和氣氛，米勒提議大夥給這輛列車取個名字，眾人七嘴八舌地議論了一番也沒得出個結果，“白痴”作為團隊裡的軍師，他建議將列車命名為曙光號，這不僅代表了米勒幾人的希望，同時也是全俄羅斯的希望。
曙光號
曙光號行駛到伏爾加河附近時撞到了路障，列車上的汽缸被扎穿了，眾人只能暫且休息等待列車的修復，米勒拿起望遠鏡發現遠處有人活動的痕跡，他讓阿爾喬姆和安娜前去收集情報。阿爾喬姆划船來到村子上的教堂裡，一個叫西蘭提烏斯的邪教首領控制了整個村莊，由於這裡的人們經常遭到“球狀閃電”的襲擊，西蘭提烏斯將電力和科技視為禁忌，嚴禁村民們使用現代科技下的產物，例如列車。來到教堂頂的阿爾喬姆發現了卡蒂亞和她的女兒娜斯提亞，西蘭提烏斯為了和卡蒂亞成親便殺死了她的丈夫，卡蒂亞只能帶著娜斯提亞躲在教堂頂部等待救援。
伏爾加河
當地有一名叫克列斯特的機械師，邪教徒們搶走了他的軌道車，克列斯特將起重機上面的操作室當成了自己的安全屋。某天當他看到遠處的曙光號時，他意識到這是一個逃離邪教徒的好機會，他跟著阿爾喬姆來到了曙光號上，並自告奮勇地負責列車維修的工作。
克列斯特
在尋找發射塔天線的時候，安娜不慎掉進了地下坑洞裡，米勒對於阿爾喬姆他們讓安娜獨自行動的行為大發雷霆，他命令阿爾喬姆用最快的速度找到安娜，在一面星條旗的下面，阿爾喬姆找到了奄奄一息的安娜，他急忙給她帶上防毒面具將她背了出來。得救後安娜靠在牆上不停的咳嗽，樂觀的阿爾喬姆認為在莫斯科裡那麼難都挺過來了，這裡的輻射量比莫斯科低，應該不會有什麼大問題。
安娜
黑暗裡，遊騎兵們劫持了旅行商人的船隻，阿爾喬姆和杜克乘船進入了邪教徒們的堡壘，二人找到了躲在堡壘裡的西蘭提烏斯。西蘭提烏斯命令邪教徒們不要開槍，隨後阿爾喬姆和杜克跳上迎面駛來的曙光號上離開了。
西蘭提烏斯
寒冷的冬天已經過去，窗外的蔥蔥綠葉預示著春天的到來，眾人經過幾個月的行駛終於抵達了此行的目的地——亞曼托地堡。亞曼托地堡原本是俄羅斯領導人躲避核戰的地方，核戰來臨後，僥倖逃過一劫的工人們在“醫生”的帶領下修好了通訊天線，試圖向外界發送求救信號。食物的短缺讓地堡內的處境愈發的艱難，於是他們將自己偽裝成國家領導人，把地堡描述成戰後避難所，誘騙那些毫不知情的倖存者過來投靠，當地一批倖存者進入地堡後，一切都變了。在伏爾加河時，醫生曾冒充國防部長和米勒取得直接聯繫，然而米勒心中的家國情懷並未讓他對這一切產生懷疑，此時的他只想趕快來到國防部長面前彙報。
亞曼托地堡
地堡內部破敗不堪，一副很久都沒有人居住過的樣子，白痴隱約間覺得這件事不大對勁，多年的戰鬥經歷讓米勒留了個心眼，他讓其他人原地等候做好接應，自己則帶著阿爾喬姆和安娜去面見國防部長。三人乘坐電梯來到大廳裡見到了國防部長，當聽到米勒的隊伍裡有女人和兒童時，部長的身體明顯顫抖了一下，舔了舔嘴唇說好久沒見過女人和兒童了，意識到不對勁的米勒警覺地問部長他到底是誰。突然，大廳裡陷入一片黑暗，幾個藏在天花板上的人跳下來劫持了三人。
正在彙報的米勒
醫生命令米勒把列車上其餘的人都喊過來，不聽的話就把安娜端上餐桌，米勒這才意識到這裡根本沒有什麼國家、什麼部長領導人，只有一群把人騙進來吃掉的食人族，安娜的咳嗽引起了醫生的注意，他決定先帶安娜做個檢查，防止體內有什麼傳染病。可能是米勒沒有按照約定的時間返回，也可能是他之前秘密下達了某些命令，這時山姆從黑暗裡走了出來，一槍一個幹掉了眼前的食人族。很快剩餘的遊騎兵們趕到，他們迅速地控制住了局面。
食人族挾持了三人
阿爾喬姆在醫療室裡找到了被綁在椅子上的安娜，不料醫生從身後偷襲把他死死地壓在身下，安娜掙脫綁在手上的繩子，撿起地上的匕首直接給醫生抹了脖子。脫離危險後安娜拿出無線電給米勒報了平安，眾人約定在指揮室裡碰面。來到指揮室裡，米勒對於自己的行為感到十分自責，執迷於所謂的“國家”讓他喪失了基本的判斷力，在沒有確認對方身份的情況下就貿然前進，差點害死了所有人，他請求安娜能夠原諒他。這時白痴的聲音打斷了父女倆，他在指揮室的計算器上找到了幾處可能適合生活的地方，隨後米勒帶領眾人回到了曙光號上，在無數食人族的追趕中逃離了這裡。
安娜殺死醫生
失去目標的米勒第一次陷入了迷茫，眼下莫斯科肯定是回不去了，白痴提議前往裡海的衛星中心，那裡說不定會有地圖和輻射分佈圖，眼看眾人也沒有更好的建議，米勒決定前往裡海碰碰運氣。此時的裡海正值夏季，悶熱的空氣讓安娜感到心煩意亂，途中他們看到了一輛疾馳而過的汽車，車裡的倆人對於安娜的出現興奮不已，他們決定將這個消息報告給男爵大人。男爵是當地著名的土匪頭子，利用手裡的石油和水資源脅迫當地人給他做奴隸，他還創立了“聖火教”，試圖通過宗教的影響力進一步控制所有人。
停靠在裡海的曙光號
在探索過程中，阿爾喬姆被迫捲入到了當地的幫派鬥爭中。這時米勒發來了新任務，一位叫蓋爾的當地人向他們發來求救信息，希望可以得到遊騎兵們的幫助，作為回報，她會將通訊中心的位置告訴阿爾喬姆，那裡有他們在一直尋找的輻射分佈圖。伴隨著滾滾黃沙，阿爾喬姆開車來到了燈塔下方，在幫助蓋爾消滅掉當地土匪後，蓋爾兌現承諾帶著阿爾喬姆來到了通訊中心。漆黑的地堡裡躲藏著無數只變異蜘蛛，它們為阿爾喬姆和蓋爾準備了隆重的“歡迎儀式”，好在達米爾及時趕到幫助二人逃了出來。
通訊中心
連日的高溫讓遊騎兵們苦不堪言，許多人因脫水中暑倒下了，曙光號也因為沒有足夠的水而無法啟動。將分佈圖交給米勒後，阿爾喬姆和達米爾來到了當地的一處水源地，男爵奴役當地人為自己開採水井，並派自己的手下作為監工監督他們幹活。他們在這裡找到了一輛送水車，於是二人分頭行動，達米爾負責駕駛送水車，阿爾喬姆負責打開營地的大門。在回去的路上，阿爾喬姆終於頂不住睏意沉沉地睡了過去。
阿爾喬姆跳上送水車
水源有了，現在還差燃料。在蓋爾的建議下，米勒讓阿爾喬姆和達米爾前往男爵的地盤裡偷取一輛裝滿燃料的油罐車，安娜則作為狙擊手在遠處掩護二人行動。蓋爾和倆人趁著夜色來到了營地附近，蓋爾和達米爾負責解決門口的守衛，阿爾喬姆鑽過地下管道來到了營地內部。當他來到男爵的碉樓前，男爵通過擴音器向他喊話，希望他可以放下武器上來談談，避免無謂的流血和犧牲。
達米爾和蓋爾
來到碉樓裡，男爵在這裡豢養著大批的奴隸和妓女供自己和手下玩樂，男爵提出用蓋爾交換燃料的條件，還沒等他把話說完，躲在一旁的蓋爾率先發難，開槍打死了男爵的手下。怒不可遏的男爵一把抓住蓋爾的脖子，把她推到了天台邊上，就在他鬆手的一瞬間，阿爾喬姆一個飛撲抓住了蓋爾的手臂，身後的達米爾上前幫忙將她拉了上來。男爵拿起手上的柺杖和阿爾喬姆扭打在一起，眼看不敵男爵，這時遠處的安娜一發入魂，結束了這個暴君的統治。
男爵
蓋爾向二人表達了自己的感激之情，感謝他們結束了男爵的統治，將自己的同胞從暴政中解救出來，男爵的死亡使這片貧瘠之地的權利再次陷入混亂之中，目前還有很多工作需要重新開展。和二人道別後，她便消失在了夜色之中。
隨著安娜的病情逐漸加劇，米勒他們急需找到一處適合安娜養病的地方，通過衛星地圖他們將地點選在了東邊的針葉林附近。前方的道路由於坍塌曙光號無法開過去，阿爾喬姆和阿廖沙乘坐小型軌道車探查情況。正當二人談話時，山體突然發生坍塌，巨大的石塊砸向軌道車，阿爾喬姆瞬間被砸到了湖裡。
病情惡化
恍惚中，他看到了一位頭戴面具的人救起了自己。經過探查後阿爾喬姆得知這裡，這裡的原住民是之前來此夏令營的孩子們，當核戰爆發後，他們已經無法回到曾經的家園裡，在老師的帶領下他們逐漸適應了這裡的生活。當老師去世後，他們自動分成了兩個派系，以奧加為首的開拓派主張用和平的方式對待外來者，而以羅曼為首的海盜派則使用更加激進的手段對待一切入侵者。
坐在老師墓前的奧加
在奧加的幫助下，阿爾喬姆救出了被海盜抓走的阿廖沙。阿廖沙告訴阿爾喬姆這裡的大壩撐不了多久了，由於輻射物長年累月的侵蝕，導致大壩內部結構已經開始斷裂，最多隻能再堅持幾個月的時間。在離別之際，阿廖沙邀請奧加和自己一起走，奧加婉拒了他的好意，她要留下來繼續幫助這裡的人。阿爾喬姆和阿廖沙通過繩索滑到了另一端，成功追上了曙光號。
針葉林
眾人離開莫斯科已有一年之久，天空中再次飄滿了潔白的雪花，躺在床上的安娜顯得憔悴不堪，她不想再看到父親和阿爾喬姆為了她折磨自己，她想讓他們放棄她，這時克列斯特走了過來，通知阿爾喬姆米勒正在召集所有人準備開會。白痴告訴眾人，由於之前對輻射圖的解讀錯誤，此時新西伯亞利的輻射指數已經超出莫斯科八倍有餘，過量的輻射將新西伯利亞變成了一個死城。米勒從卡蒂亞那裡得知，在新西伯利亞里有一種可以治療安娜肺病的試劑，他決定帶著阿爾喬姆前去尋找試劑，安娜作為他的女兒，阿爾喬姆的妻子，這是他們二人所肩負的職責，米勒不希望將所有人都牽扯進來。臨行之前，米勒特地讓克列斯特往防護服再多加幾塊鉛片，至少能讓一個人活著回來。
新西伯利亞
二人穿過被大雪掩埋的街道，重新回到了陰暗恐怖的地鐵裡。在這裡他們發現了一個小男孩，男孩一把推開阿爾喬姆從柵欄中鑽了過去，米勒幫助阿爾喬姆翻過柵欄後命令他追上那個男孩，男孩一路上東躲西藏，似乎很怕被他們抓到，最終阿爾喬姆在一個油桶內找到了他。在小男孩的交代下，二人得知了他叫基里爾，米勒告訴他自己正在執行緊急任務，希望基里爾可以帶著他倆去見指揮官。基里爾很詫異二人竟然不是“他們”的人，米勒並不知道基里爾所說的“他們”是誰，不過依然向他保證自己會保護他的安全。
米勒和基里爾
基里爾帶著二人來到了他的住所處，他告訴二人自己的父親出去尋找衛星地圖了，父親曾對他說等拿到衛星地圖，就能帶著他找到一個沒有輻射的地方，但是基里爾的父親已經失聯三個星期了，基里爾請求他們找到自己的爸爸。米勒聽後知道這是一個機會，這不僅基里爾的機會，也是安娜的機會，更是所有人的機會。他決定去尋找衛星地圖，阿爾喬姆則繼續尋找試劑。在出發前，基里爾從僅剩的三支抗輻射藥裡拿出兩支分給倆人，米勒拍了拍阿爾喬姆的肩膀，囑咐他安娜的希望就全靠他了。
米勒
地鐵裡過量的輻射讓阿爾喬姆產生了嚴重的幻覺，他看到了變成屍體的安娜，他看到了朝地鐵口開炮的坦克，此時阿爾喬姆心中只有一個信念，一定要找到試劑救活安娜。到達研究所後，阿爾喬姆遇到了盲猿，它們體型巨大卻雙目失明，只能依靠感知來搜尋獵物。在一間實驗室裡阿爾喬姆終於找到了試劑，一直在門口徘徊的盲猿卻發現了他，阿爾喬姆鑽進管道里試圖躲避盲猿的攻擊，結果被一巴掌拍出了管道，二人在樓梯打鬥時不慎跌落，盲猿被一根鐵管刺穿胸口當場死亡，阿爾喬姆也因重傷昏了過去。
盲猿
拿到衛星地圖後，米勒找到了昏迷在雪地裡的阿爾喬姆，他把自己唯一的一支抗輻射藥打給了阿爾喬姆。終於，他承認了阿爾喬姆，他不再叫他士兵，也不再叫他阿爾喬姆，他第一次向阿爾喬姆叫了聲——兒子。在半睡半醒之間，阿爾喬姆看到了正在開車的米勒，他命令阿爾喬姆保持清醒，結果阿爾喬姆兩眼一黑又昏了過去。當他再次醒來時，看到了正在擺弄方向盤的基里爾，他爬到方向盤前，冒著漫天的大雪朝曙光號的方向駛去。
米勒將抗輻射藥打給阿爾喬姆
翌日，趴在方向盤上的阿爾喬姆醒來後，發現了坐在副駕駛上的米勒。他太累了，需要好好的睡上一覺。看著從曙光號上跳下來的隊友，阿爾喬姆知道自己的使命完成了。
忠誠的士兵、偉大的父親——米勒上校
眾人在地圖上發現了還未被汙染的貝加爾湖，在米勒上校的墓碑前，米勒為自己擁有阿爾喬姆這個兒子而感到自豪，白痴提議將遊騎兵的指揮權交給阿爾喬姆。至此，地鐵三部曲完結。
貝加爾湖
阿爾喬姆……求求你，答應我這是最後一次……回頭見。
——《莫斯科》
阿爾喬姆找到我真好……
——《伏爾加河》
幹得漂亮，阿爾喬姆！你就像是個真正的忍者……我現在只想親你！可是我要帶卡蒂亞和娜斯提亞去曙光號，在那兒見！
——《伏爾加河》
阿爾喬姆……你在莫斯科爬廢墟的時候……你帶著無線電……你有想象過我們在地表的生活嗎？比如一個家……一個我們可以居住的地方——在森林邊緣的小木屋……或者在海灘上的小平房？雖然，你知道的……這樣簡單地去各種地方也是不錯的……只要我們倆在一起……穿過被遺棄的車站，廢墟，廢土……而且是在我們倆的私人車廂裡！回想一下，這不就是我們的蜜月之旅嗎？哈！確實很像蜜月，雖然來的有點遲！
——《春季》
阿爾喬姆！我就知道你會來的！
——《亞曼託》
見鬼，真希望我能把這些沙子都沖洗掉！希望我們趕緊離開這片沙漠……
——《裡海》
我沒事，阿爾喬姆……去吧……我現在很好。
——《夏季》
阿爾喬姆，你知道的，我當時找到這張太平洋的照片的時候我就覺得我們最後肯定會去那裡……這些河流、山峰、沙漠……這些不行。沒有大海就什麼都沒有！我相信我們能到那裡的……我相信……我知道我會到那裡的……如果我需要幫助，你會一直在身邊……你會再救我一次的，不是嗎？阿爾喬姆，求求你……不要再折磨你自己了……看到你這樣我就心痛……還有爸爸也是……
——《秋季》
你沒找到嗎，我的愛人？沒事……我知道你盡力了……我在等你回來……你回來了……真好……
——《死城》
阿爾喬姆……求你了……別死……撐住，求你了……我不想我的生活裡沒有你……你能聽到我嗎？看著我，阿爾喬姆！看著我，求你了！
——《終章》
END.