觀前提示，本文含有一定劇透要素，請自行選擇觀看。
注：作者走的是懷亞特時間線
前篇鏈接《重返德軍總部：新秩序》 淺談劇情
本篇為對之前文章部分劇情的補充完善，沒看過的可以看一下前篇喵
精神病院
BJ雖然在最後關頭撿回一條命，但是在跳入海中逃亡之前一塊被爆炸震飛的鐵片切劃傷了 BJ 的後腦勺。
BJ在精神病院待了十四年
在病院目睹了其他病人被納粹帶走進行人體實驗，直到戰爭結束後精神病院對於納粹沒有利用意義後，「死顱將軍」的手下對病院的患者和醫護人員進行了屠殺，逐漸恢復過來的BJ帶著倖存的安雅逃亡到安雅的祖父母家中。
僅僅是如同從一場夢中醒來，就要面對一個絕望的世界，固執的BJ顯然無法接受這樣的命運。
新世界
在安雅祖父母家中躲藏的時候，BJ瞭解到現在戰爭已經結束了（美國被德國用核彈炸了，屬實世界線變動），包括抵抗組織也被逮捕殺害，隨後，BJ對俘虜的納粹軍官進行了拷問。獲知抵抗軍成員被關押在柏林的艾森沃德監獄深處的B囚室。
BJ的拷問
於是，BJ與安雅等人一同前往柏林營救反抗軍。
“主啊，求您保佑我們…讓我們淌過黑暗的水域，賜給我們穩固的雙腳和靜謐的呼吸，免受暴風雨侵襲…和一條安全的通道…穿過飢餓的狼群” ———BJ一行出發時的禱告
BJ穿過波蘭-德國邊境的時候，遭遇了德國的雙足步戰機器人，將其擊毀後潛入了通往柏林的火車。
在通往柏林的火車上，BJ遭遇了指揮官恩格爾小姐和跟班布比。
之後BJ回到車廂和安雅做了愛做的事
艾森沃德監獄
世界之城——日耳曼尼亞
通過安雅的掩護，BJ成功通過監獄的囚車潛伏進了艾森沃德監獄，隨後通過潛入（或者強攻）到達了B囚室，並在此遇到十多年前同樣倖存的懷亞特。隨後一同逃出了監獄，在安雅的協助下，一行人前往抵抗基地。
倫敦諾帝卡
倫敦諾帝卡
在基地，BJ獲悉德國在倫敦部署了名為“箭語”的隱形直升機，而這些載具對抵抗軍的行動有很大助力，於是，抵抗軍一行前往倫敦突襲納粹的研究基地—倫敦諾帝卡。
在鮑比·布萊姆的犧牲之下，BJ成功突入了研究設施內，並取得了納粹的激光武器原型槍，隨後奪取了“箭語”原型機。
在安雅的協助下，反抗軍整理手頭資料獲悉納粹的超時代科技均來源於聖質隱修會，並發現該組織的成員賽特羅斯被關押在克羅地亞由恩格爾小姐管轄的貝利卡集中營。
貝利卡集中營
BJ作為囚犯潛入了集中營，在囚犯波姆貝特的幫助下找到了賽特羅斯，並說服其加入反抗軍一同反抗納粹的暴政。隨後，BJ通過賽特羅斯獲取了集中營中機甲的控制權，率領囚犯們成功越獄。
越獄期間納粹指揮官恩格爾小姐被機甲捏碎了下顎，丟下懸崖生死未卜。
柏林地下墓穴
通過賽特羅斯帶來的聖質隱修會情報，反抗軍決定奪取潛艇以前往大西洋深處的聖質隱修會儲存室。第一步，前往柏林的地下火車調度站，通過納粹的物資運輸潛入潛艇，在擊潰地下墓穴的納粹士兵後，BJ藏進了送往德軍潛艇的魚雷。
潛艇
登上潛艇的BJ對於納粹來說就像把自己逼入死路的餓虎，在BJ的武力下，反抗軍成功控制了這艘配備了核子加農炮的U艇”伊娃之錘“。
利用U艇，反抗軍取得了聖質隱修會的超時代科技產物，對於反抗軍的行動有很大助力。
直布羅陀海峽大橋
反抗軍獲悉，納粹的首席科學家將前往納粹的月面基地，所乘坐的高速列車將通過直布羅陀海峽大橋。而核子加農炮的密鑰，正儲存於月面基地。反抗軍決定於直布羅陀大橋攔截該列車，並盜用納粹科學家的身份，將BJ送上月球。
猶太科技 震撼人心
通過聖質隱修會的武器成功攔截了列車，BJ苦戰後拿到了納粹科學家的身份信息，並前往倫敦諾帝卡發射基地。
BJ上天
月球基地
BJ在月球基地見到了納粹的新式激光武器，但是並沒有阻止BJ的行動，BJ取得核武密鑰後，通過運輸機返回了地球。（感覺這段關卡致敬了鋼鐵蒼穹這部片子）
我曾見證成千上萬的喋血戰役，我曾賞過五大洲的落日餘暉，我曾觀察過月球表面的浮塵翻騰，然而我之所願······唯有與你再度相見····· ————BJ重返地球的獨白
重返倫敦諾帝卡
BJ剛剛落地不久，剛剛聯繫上反抗軍基地時，就獲悉基地被「死顱將軍」的精銳部隊突襲。心急如焚的BJ迅速殺穿倫敦諾帝卡，並擊毀了阻攔的倫敦監視者。在克勞斯的協助下，迅速趕回位於柏林的反抗軍基地。
倫敦諾帝卡
遭到攻擊
雖然說BJ已經非常迅速了，但是納粹士兵還是抓捕殺害了一大批反抗軍成員，克勞斯被納粹殺害，X為掩護BJ犧牲，安雅等人也被俘虜。
隨後BJ與倖存者匯合後，反抗軍殘部駕駛“伊娃之錘”駛向死顱將軍的城堡，準備斬首行動以及營救反抗軍。
卡羅琳超人！
重返德軍總部
最終，反抗軍殘部向「死顱將軍」的城堡進發，即為“重返德軍總部”。、
途中，BJ被恩維爾小姐的情人布比偷襲，注射了神經毒素，但是因為BJ大腦皮層受傷沒有起到致死的效果，隨後被恢復過來的BJ當場擊殺。
陰險的納粹
在苦戰後，BJ登上了城堡的最高層與死顱對峙，在打敗之前被死顱殘忍殺害並奴役大腦的戰友後，擊敗了駕駛機甲的死顱，最後的關頭，當BJ選擇用刀處決「死顱將軍」時，被死顱藏在手中的手榴彈炸成重傷
重傷的BJ爬到窗口，向下望去，安雅手持提燈引領被納粹關押的人們撤離，在目送運輸直升機遠去後，確認了核彈發射的指令。
一位堅強的女性提著一把火炬，她的火焰就是被囚禁的閃電般，而她的名字就是自由女神，請你讓我為你承受疲憊、讓我為你承受貧苦，而你要帶領著民眾去呼吸自由的氣息。將所有的災厄、孤獨、不安…都留給我吧… ————BJ在目送安雅引領人們撤離的獨白
至此《重返德軍總部：新秩序》完結
在被高牆包圍下、在鐵蹄踐踏處、在無盡屍骸上，是必將再度燃燒的自由燈火。
反法西斯戰爭中犧牲的戰士與人民永垂不朽
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