《寶可夢阿爾宙斯》的背景為古代的神奧地區，那麼本作會有怎樣的冒險呢？請看下面由“寶可夢博士”帶來的《寶可夢阿爾宙斯》一週目主線流程圖文攻略，希望對大家有用。
第一章-初到洗翠地區
受到阿爾宙斯的召喚，我們穿越回到洗翠地區（也就是古代的神奧地區）
醒來後遇到博士與御三家（木木梟、火球鼠、水水獺），之後御三家逃跑。博士給了我們50個精靈球去將這三隻寶可夢捕捉回來。
捕捉比較簡單，按住ZR鍵出現準星，鬆開就是拋出精靈球。
捕捉完成後，博士帶領我們去往村子，博士要去報告，讓我們在食堂門口等他。在食堂門口遇到明耀，之後博士報告完後來到食堂，想讓我們加入調查組。
起初明耀還反對讓我們加入調查隊，這時銀河隊調查組組長星月出現允許我們加入調查組，但前提是要通過考驗，具體考驗是什麼內容要等到明天來找星月了。
星月走後，我們與明耀博士一起吃飯，估計考驗的內容大概就是捕捉寶可夢，飯後回到宿舍住宿，在宿舍裡我們可以睡覺休息，也可以存儲道具，還可以換裝哦～
夜晚，天冠山上的裂縫發出了巨雷，但也不清楚具體發生了什麼，一夜就這麼過去了。
第二天來到星月的辦公室，考驗任務為捕捉大牙狸、姆克兒以及小貓怪。
博士讓我們挑選御三家中的一隻寶可夢作為我們的搭檔從而順利完成考驗，我選擇了水水獺
來到村口遇到望羅，他是銀杏隊商人，對於遺蹟之類的非常感興趣，看樣貌是竹蘭的祖先。
他想與我們對戰，他的寶可夢為LV5的波克比
