#怀旧游戏#书接上回，纸飞机的终点不再是飞往远方，而是碰到了拄着棍子要饭的Boss。
在莫登军团遭遇失败后，全球范围内依然出现零星的骚乱事件。令人担忧的是，这些骚乱逐渐呈现出有组织化和计划性的特征。在如此复杂的战役中，能够制定、执行和指挥这样一场大型行动的恐怕只有一位杰出的领导人——莫登元帅。
在第一次大战结束后，莫登元帅再次卷土重来，正规军显然是想不到会来的这么快。
为了确保安全，两位主要角色被赋予了先行采取行动的使命，再次出击。为防止信息泄露给莫登，他们的上级并未获得所有细节。出人意料的是，这次他们将与情报部的特殊部队SPALLOSE携手合作。由于高层之间错综复杂的关系和对实战部门的抵触情绪，作战当天SPALLOSE派出了两名士兵，英里和菲欧，共同执行这一特殊任务。
在战斗的最后关头，众人这才发现莫登军团的一个秘密：原来他们与外星人结盟了！然而，在大战爆发前，外星人背叛了莫登，将他抓走。面对这个共同的敌人，莫登军团首次与正规军携手合作，共同对抗外星人的母舰。然后最后一幕，参照了电影《独立日》里老爷子自杀式撞机的情节，趁着母舰放大招的时候一架飞机冲上去自爆……
尽管遭遇了种种不幸，莫登元帅仍未放弃扮演悲惨角色。他与他的剩余队伍在世界各地隐匿，寻求东山再起的机会。与此同时，正规军情报部深入调查了全球范围内的神秘事件和异常现象，这些事件与莫登军团和《合金弹头2(X)》中揭示的外星人存在密切联系。曾提交退役申请的马尔克和塔尔马两人被重新批准，继续在《合金弹头3》中指挥队伍勇往直前。
