《壳之少女》的故事发生在1953年（DNA双螺旋被发现那年），那时的日本应该算作百废待兴之际，社会比较动荡，总而言之就是“人才济济“之地，各种恶性案件频发，为私人侦探提供良好的就业环境。
其中，主人公玲人便是在经历”六识案件“后辞掉警察一职，选择再就业成为了侦探（父母双亡，有妹有房）。
游戏便主要是以他的视角串联起错综复杂的人物关系，揭露一件跨越六年的关于执念的故事背后的真相，推荐废萌玩腻之后来尝试。
*以下内容包含严重剧透，请酌情观看
emmmm......说实话，普通END都或多或少有逻辑上的问题，而且还存在洗白罪犯的意思（一句执念就能解释一切吗？）；而BE又十分糟糕，不是寄就是疯；所以能讲一讲的只有TE里的故事，同时也是最完整的故事（如果不是全CG收藏爱好者，我建议只走这一条线），下面是我的一些碎碎念——
寻找着自我的少女
纠缠不清的禁忌之恋，
走入歧途的宗教之礼，
一对父子的幽暗之心，
偏执成疾的黑色之卵...
倘若我们顺着六识命（其实表面的西藤环是很适合做朋友的那类人）的思路来想，那么冬子的诞生更像是落入凡间的神明，也就意味着她终究会有回归的那一天，而间宫心尔企图用代表执念的黑色之卵来困住冬子，那么对应TE结果便是冬子脱离肉身，化作蓝羽飞向自由。
自由之（）
“我赤裸裸来到这世界，转眼间也将赤裸裸的回去罢？但不能平的，为什么偏要白白走这一遭啊？“
轻轻的来到这世界上，冬子仿若即将凋谢的樱花——美丽但脆弱，她本可以自由地享受短暂的人生，然后轻轻的回去，不带走一片凡间的云彩......
月下冬子
可千丝万缕因执念而起的黑线编织成卵，
日久难料因偏激而生的邪念汇聚成恶，
终究伤害了原本无暇顾及凡尘的冬子，
但实际上她只是普通的女孩，也有青春与爱怜
”你是自由的“
故事以新生的降临收尾（串戏到巨人了），就仿佛宣告着冬子永远离开了凡间，那么她是否寻到了自己的自由呢？还是依旧困于名为你我回忆的枷锁之中...