《薩爾達傳說智慧的再現》本作以塞爾達為主角，講述了塞爾達帶領眾多夥伴為了拯救被裂縫吞噬的人們而努力，本流程攻略包含全寶箱、心之碎片、紀念章等重要怪物的收集，希望能幫助到大家。
複製與再現：本作的最重要的系統，塞爾達可以複製發黃光的物品並將其複製到自己指定的位置。
這一系統也可以用到怪物身上，擊敗某個怪物就能複製怪物的身體，再將這隻怪物作為自己的夥伴召喚出來。
同步：對著可移動的物品按下X鍵使用同步能力，將身旁的託力發射出去附身到這個物體上，此時塞爾達與目標都發出綠光，可以帶著這個物體四處移動；同步能力對某些怪物也有用。
對調：同步能力的一種附加用法，當塞爾達同步到某一個移動物體後，按住R鍵即可讓這個移動物體帶著塞爾達移動。
劍士模式：塞爾達按住十字鍵上即可化身劍士模式，此時可以使用劍、弓等武器，是輸出大量傷害的模式，需要積累左上角的藍色進度條，在無之世界擊敗黑色的怪物可以獲得大量能量，也可以收集漂浮在各地的能量。
飾品：塞爾達可以裝備各類飾品為自己提供加成，從寶箱與商店可以獲得各種飾品。
料理：野外收集各類素材可以根據食譜製作美味的料理，能夠為塞爾達提供各種強大的增益效果。
寶箱：分佈在世界各處，可以從寶箱中獲得各種不同的獎勵。
心之碎片：收集心之碎片增加塞爾達的血量上限，每四個心之碎片可以增加一個心。
力量碎片：可以強化塞爾達劍士模式的各類數值，主要通過任務與主線獲取。
紀念章：分佈在世界各處，據說收集這些紀念章可以獲得豐厚的獎勵！
過完開頭CG，後面是林克的一個教學關卡，直走與盡頭的機關互動往上走。
下一個場景走上樓梯往右遇到第一個敵人，根據教學提示熟悉熟悉操作。
盡頭處消滅所有出現的敵人，進入左側的房間沿路走，擊敗幾波敵人來到盡頭處發現被BOSS囚禁的塞爾達，開啟第一場BOSS戰。
BOSS只會重複兩個攻擊招式，扔火球可以通過舉盾直接躲避。
衝刺前BOSS有一個極其明顯且時間很長的前搖，看到前搖就準備繞著走，抓住突刺後的後搖上去一頓平A。
BOSS每打完一套連招還會有一段休息時間，往它的位置丟炸彈可以輕鬆的消耗血量（反正炸彈不要錢）。
將BOSS擊敗後地面出現了大範圍的裂縫，林克與BOSS全都掉了下去，操控搖桿打破囚禁塞爾達的水晶。
往下走，看到一個光點移動到了裂縫下方的斗篷位置，與其互動拾取林克的斗篷，這時裂縫會開始擴大。
操控塞爾達一直沿路跑，被裂縫追上會被消耗血量，小心路上掉下來的石塊，反應不過來會被擋住去路，跑一段路就會來到出口。
隨著過場動畫中標題的出現，遊戲正式開始。
