五層的隱士創造了高塔，歡迎所有民族的人進入。但是這些不同民族的人語言不通、無法交流，隱士一開始試圖消除這種隔閡，所以在每層都設置了傳送門，而且還派了一些專家（紫門後面的人）去做翻譯，但是並沒有成功，塔內的人們因為溝通的障礙對於彼此造成的誤解和敵意也越來越嚴重——
一層的信徒們本來生活在外面惡劣饑荒的環境，靠種植為生，偶然機會得到了塔內四層鍊金術士的配方使得植物豐收，他們認為這是神蹟，於是紛紛進塔想要攀登膜拜，但是被二層的戰士認為是野蠻人，阻止他們向上攀登，他們被困於一層，面對將死的植物無能為力。
二層的戰士們熱愛音樂，勇敢善戰，他們痴迷於詩人們的音樂，奉詩人們為聖人，自己則是肩負了守護詩人的天命，於是他們自建堡壘守護三層的詩人，替他們抵擋一層的“野蠻人”（信徒）。
三層的詩人追求美，充滿文藝氣息，喜愛音樂與戲劇，他們並不知道二層的戰士非常追崇他們，反而也認為戰士們是野蠻人，因此不允許戰士們進入三層。同時在文明發展到一定程度的三層出現了階級分化，開始有奴隸階級出現，他們內心一直渴求自由。三層的詩人曾經試圖向上攀登，但在三四層之間被怪獸襲擊了，於是後來他們不再尋求向上，並且認為想要向上攀登的人是“愚人”，這種人只會被怪物吃掉。愚人與怪物的故事也被他們的劇院做成劇本表演著。
四層的鍊金術士是科技文明最為發達的民族，他們本身與詩人是同胞，苦於三四層之間的怪獸而無法向下尋找同胞。鍊金術士認為隱士是“精靈”，是他們封住了四層與五層的門，於是術士們不斷鑽研鍊金，希望能做出完美配方助他們進化，打開精靈門。終於有一天一個術士煉出了這個配方，卻因為操作不當變成了怪物，徘徊在三四層之間，從此切斷術士與詩人的交流。
隱士對塔內的情況非常失望，只能整日沉迷在AI虛擬世界中進行自我放逐，久而久之AI似乎也有些不可控了，強行放逐了所有隱士和每層負責翻譯溝通的專家，這座塔從此變成了充滿混亂和仇恨的巴別塔。一位隱士不想看到這樣的悲劇，於是創造出了主角，讓他破譯塔內各層文字，幫助各民族交流，同時解救被AI困住的隱士們。於是主角就來到了巴別塔，在他的幫助下，各層人民終於得以溝通——
一層的信徒向戰士展示自己會演奏，同樣喜愛音樂，得到了戰士的接納；也聯繫到了鍊金術士製造藥水拯救他們枯萎的植物。
二層的戰士告訴詩人自己熱愛音樂，詩人們也很開心地到達了戰士廣場為他們表演。戰士也受四層術士所託替他們捉住怪物。
三層的奴隸獲得了自由，與一層的信徒聊天。詩人也能夠坐纜車繼續向上。
四層的鍊金術士助信徒復活植物，修建了通往三層的纜車，也請求二層的戰士幫他們捉住了怪物。
五層的隱士們也擺脫了AI的控制，促進各層友好交流。最後大家相聚塔頂，發現自己追求的“神蹟”、“天命”、“美”、“進化”、“放逐”都是共同的意義。
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每層人性格都不一樣，一層信徒善良單純，二層戰士勇敢守序且憨憨，三層詩人清高自負，四層科學家聰慧勇於探索，五層隱士自閉擺爛