來到新選組駐地時可以見到京都見回組的人在門前鬧事,與永倉交談得知見回組的成員都是幕府家臣,但組織的性質與新選組性差無幾。
在新選組駐地中找到伊東,與他交談後得知近藤局長最近都不再駐地中,因此想要見到近藤只能等待他的邀請。
土方也表示遲早能見到,稍安勿躁。
在庭園中的沖田和武田也並不清楚應該如何找到近藤。
就在準備離開新選組駐地時,通過井上接到了來自局長的任務。任務要求我們前往薩摩藩邸,調查一個名為坂本龍馬的人。
回到寺田屋詢問中岡第二個龍馬的事情後,他表示對此毫不知情,於是我們只得先前往薩摩藩邸進行調查。
來到薩摩藩邸後向守衛搭話表示想要見到西鄉,於是守衛表示西鄉目前不在藩邸中,讓我們跟他走。
守衛將我們引到偏僻無人的地方後準備動手將我們殺死,隨即進入戰鬥將薩摩武士擊敗。
成功見到西鄉後向他詢問有關坂本龍馬的情報,但西鄉卻不願透露有關此人的任何情報。
離開薩摩藩邸的路上遭遇山崎,得知近藤勇正在祗園的飯店旭屋中等我們彙報調查結果。
見到近藤勇後他表示通過此事可以確認西鄉見到的坂本龍馬是假冒的,而真正的龍馬就坐在他的面前。
而他並不在意我們的真實身份是什麼,只希望我們可以加入他的計劃,幫助他把日本的都城從京都遷移至江戶。
在拒絕了近藤需要犧牲無數百姓的計劃後,近藤透露出當年東洋老爹死之前說過的話,並表示自己就是當年的蒙面忍者,於是我們將在房間中與近藤戰鬥。
近藤的三連發大火球傷害極高,注意及時躲避。
擊敗近藤後我們通過交手判斷出了當年的忍者並不是他,在向近藤告辭離開後井上從旁邊的房間中出現。
雖然井上認為我們知道的太多了想將我們除之而後快,但近藤表示我們有可能解開真正的謎團。