多數戰鬥開戰前會讓玩家指定出站的數碼寶貝。
有些特殊戰鬥會有固定出場數碼寶貝，無法更換。
選擇數碼寶貝後，指定開局位置就行。
可以參戰的數碼寶貝有兩種：
①搭檔：主角及同伴的數碼寶貝，可以提供各種支援，在戰場可以進化和退化。
②自由數碼寶貝：並非人類的固定搭檔，可以通過道具進化，相對可以自由的選擇搭配。
詳情可以參考後文對應說明。
進入戰場後，調出菜單可以看到勝利/失敗條件。
可以讓電腦自動控制戰鬥，失敗了還可以重開。
所有可使用命令都在屏幕左側，通過方向鍵（或鼠標）選擇，按Z確認後就能執行該命令。
移動：指定數碼寶貝前往特定位置。
攻擊：使用普通或特殊技能攻擊。
道具：使用道具恢復或是buff。
進化：讓搭檔數碼寶貝進化/退化，以增強戰力或是節省sp.
對話：通過與同伴對話來提升自己數碼寶貝的戰鬥力，也就是給與特定buff.
結束回合：顧名思義。
開戰後，敵我數碼寶貝以速度值為順序依次展開行動，右側可以看到行動順序。
Q/E鍵可以旋轉視角，觀察戰場。
選擇移動指令後，可以點擊數碼寶貝可以移動到的位置，讓其移動。
注意本作有高低差，數碼寶貝還有一個上下移動距離，超過這個距離的高度就無法到達。
例如上下移動距離2的數碼寶貝不能爬上高度為3的障礙物。
移動方式也分為飛行和地面兩種。
飛行可以無視地面障礙。
移動和攻擊後可以選擇回合結束，注意結束時要選擇朝向，本作從側面和背面的攻擊會有加成，儘量正面迎敵。
如果結束回合時未執行攻擊和道具命令（可以移動），則會進入防禦模式，防禦力提升，可以靠這個方法引怪。
如果結束回合時未攻擊和使用道具，會恢復10%sp，如果也未移動，則恢復量提升到30%，可以以此來快速回復sp。
按X鍵還可以進入自由遊標模式。
這樣就可以隨意查看敵我雙方的數據資料，方便做出抉擇（關鍵就是派遣剋制怪對付敵人）。
無論是否移動，都可以選擇攻擊。
攻擊分為普通攻擊和特殊攻擊兩種，特殊攻擊會消耗sp。
注意查看攻擊技能的射程和範圍，本作從高處向低處攻擊有加成，更容易打出暴擊，所以要儘量利用地形優勢攻擊。
攻擊技能的上下箭頭及數值就是代表其可以攻擊的高低差範圍。
注意射程就是其攻擊距離。
範圍就是其作用範圍，如果是點則是單體攻擊。
選擇技能後點擊目標就能發動攻擊。
注意目標上會有命中率顯示，普通攻擊還有幾率遭到反擊。
命中率：顧名思義。
適應性：Weak代表對其有特效，Resist代表對方剋制你的攻擊，有抗性。
反擊率：普通攻擊時有幾率受到對方反擊。
儘量從後面/側面攻擊敵人，不光傷害增加還能忽略敵人結束時附加的防禦效果。
數碼寶貝分為疫苗、病毒、資料和無屬性四種，相互剋制。
疫苗→病毒→資料→疫苗循環剋制，無屬性則既不被克也不剋制其它。
疫苗圖標：
病毒圖標：
資料圖標：
（無屬性則是一條橫槓圖標。）
