转眼已是三千年，人类继续繁衍生息，创造了属于自己的文明，迎来了璀璨的英雄时代，当年的十二奇迹部分犹在，部分下落不明，昔日的神明时代几乎沦为传说。西方大陆某处，“堕世之神”帝俊因为曾经在方舟上偷偷保存了一小小块方舟核心，得以苏醒，但他只有意识不能移动，需要方舟核心来重塑机体。有一天渗透在土地里的长安城牡丹花的汁液带来了关于方舟核心封存地的线索，被帝俊选中的青年马可波罗，带着使命，踏上了东方大陆。
稷下学院的老夫子是曾经的神职者，见证过神明之战，如今他是稷下三贤者之首，大陆第一强者、王者大陆最智慧的**。文明不能再度毁灭，要比堕世之神先找到奇迹钥匙，阻止宇宙之力被错误使用。夫子将厚望寄托于受征召的英雄。
未来征程已然开启：
同伴与敌人，奇迹和命运，这一次，究极的力量能否找到它正确的方向？
