首先，《蔚藍反射：帝》包含了序章和終章在內本作共計十二章，看似內容非常充沛，但實際劇情演出如果緊湊在一起的話恐怕也就只有大致五章的長度，主要拖延時間的地方都集中在了學院約會和支線任務方面，多少有些外強中乾。
本作的遊戲舞臺設定在了一個奇妙的異世界空間，一所學校孤獨的坐落被包圍在一望無際的水域之中。在這個炎炎夏日，少女「星崎愛央」因為要上暑期補習班而不慎在路上遺落了手機，但在將其找回時卻已一條寫著“重生吧！”的奇怪訊息為契機誤入到了這個異空間世界。
突然穿越到異世界中
初來乍到的她對此十分迷茫，而面對寬闊冷清的學校迎來的卻是三位已經生活在這裡一段時間的失憶少女們。 「韌心」、「金城勇希」和「宮內伶那」，三位少女除了自己的名字外不記得任何事情，也不知道自己是怎麼來到了這裡，不過唯獨「星崎愛央」卻保留了原有世界的記憶。
一方面，為了確保能夠在這裡繼續生活，另一方面也是為了尋找返回原本世界的線索，少女們
開始前往學校外圍的異空間手機物資，並且開始了奇妙的共同生活。
奇妙的共同生活
隨著對異空間的深入探索，四位少女逐漸發現出現在異世界內的異空間其本質其實是源自於自身內容，即「心像空間」。「心像空間」被攻略完畢後，該空間的生成者會取回屬於自己的一部分記憶，並且會把這份記憶中情感關係最為親密，且擁有著「反像者」素質的人召喚到學校中來。
「韌心」的心像空間喚來了兒時夥伴「春日詩帆」，而「春日詩帆」的回憶又把因腿部受傷而無法繼續芭蕾進修的舞者「白井日菜子」。就這樣夥伴越來越多，原本冷清寂寞的學校也變得越來越熱鬧了。
夥伴越來越多
後來根據在學校中神出鬼沒的少女「司城夕月」表述中得知，原來這個充滿不可思議現象的怪異世界為她與「司城來夢」所共同創建的，名為「點滴世界」，而意圖是為了保護「反像者」從毀滅世界的系統程序中逃脫。新世界的創建過程中需要通過使用情感力量來進行維繫，故因此轉移到這裡的少女們都失去了原有的記憶，不過由於只有十二位少女響應了召喚，致使「司城來夢」需要肉身充當世界構築的核心。
陷入睡眠的「司城來夢」
同時「點滴世界」外系統消除進度的不斷進攻也導致這個空間極度不穩定，「反像者」少女們雖然被召喚但卻無法一起出現在其中，需要通過少女們之間的羈絆回憶來重新現身。而在這樣的設定下，唯一沒有失去記憶的「星崎愛央」就成了對抗系統毀滅的關鍵突破口。
從「宮內伶那」的心像空間中得知，她在原先的世界中就認識並且喜歡上了「金城勇希」，但「金城勇希」卻因為體弱多病搬家到了別的地方。而在「金城勇希」的心像空間中又能知曉，實際上她所患的“灰病”其真相就是系統在毀滅世界進行時執行的自毀程序，能夠停止人體的生命進程，並且「金城勇希」也命喪與此。不過奇妙的是「點滴世界」內「金城勇希」卻被召喚出現，而她也正是系統為了摧毀這漏網之魚所安插的人肉間諜。
眾人合影
少女們面對艱難險阻沒有放棄，她們選擇準備通過某種辦法來逆轉系統進程，從而創造出與原先一模一樣的世界。直到最後一名少女「駒川詩」入隊後，與世界系統之間最後的戰鬥才正式開始，一場毀滅與創世的鬥爭迫在眉睫。
最終少女們以「星崎愛央」作為特異點，重新構築了世界，奪回了那令人熟悉的日常。
劇情梳理及內容分析
至此大致的故事到這也就告一段落，但最終結局的設置則比較惡意，玩家在遊戲一週目絕對無法進入「True End」，而是會隨著劇情進入循環路線。「星崎愛央」將再次撿起手機收到那條奇怪的訊息，以此又被召喚到「點滴世界」中來，不過與之前不同的是本回腦內就直接知道了夥伴們的名字。
當玩家二週目再次通關後，根據最終戰鬥之前最後一日的對話選項可以單獨角色的「True End」“和重要的人再次相遇”，屆時「星崎愛央」會與選擇之人在新世界相遇從而跳出這個循環。
一週目僅會擦肩而過，而二週目會相擁而抱
由於企劃定位的特殊性，本作根據角色之間的小團體大致可以劃分成四個部分。由「白井日菜子」、「司城夕月」、「司城來夢」組成的《幻舞少女之劍》前作組；由「平原陽櫻莉」、「平原美弦」、「駒川詩」組成的《RAY/澪》動畫組；「星崎愛央」、「韌心」、「金城勇希」、「宮內伶那」四人為本作核心，而剩下的「春日詩帆」和「久野綺羅羅」則是預定會出現在後續“SMARTPHONE/PC GAME”項目作品《SUN/燦》的角色。
大致是這樣的佈局
雖然文中按照角色歸屬團體劃分成了四個部分，但實際根據已有的劇情來梳理則是三個部分。前作組在擊敗了影響世界安定的「原種」與「達特」後，「世界系統」失去了能夠維持進程的操控者後進入自毀程序，從而就是本作所講的故事。至於動畫組的內容似乎只是在這段時間過程之前，另一條世界線上的冒險故事，而「駒川詩」與「平原陽櫻莉」、「平原美弦」兩姐妹之間存在一些情感糾葛。
三人過去的回憶
可惜的是以上這部分劇情細節內容在本作中並沒有詳細提到過，只是在演出中作為某些因素而被一筆帶過了。故對相當一部分玩家來說本作在劇情轉折的合理性方面會感到較為突兀，多少有些讓人難以理解。
不過遊戲的製作人「細井順三」也曾在採訪中表示，本作在定位上雖然是一部獨立的遊戲作品，但同時也還是一部聯繫系列目前所有作品的特殊作品，因此把本作當成是粉絲向或者純粹帶點整活的獨立作品也都全看玩家自身如何去進行理解。#神來之作第九期##遊戲推薦#