薩拉星系之亂：
薩拉星系本是聯邦邊緣一個荒蕪的殖民星系，只是聯邦不斷擴張的勢力範圍邊緣上一小塊粗陋的地盤，然而與其它類似的星系相比，薩拉星系有一個顯著的特徵：它擁有兩顆可殖民星系而不是一顆。周薩拉在恆星系的外圍也略小一些，發配到這兒的大多是囚犯與非主流宗教的信徒，而瑪薩拉則以豐富的礦物資源支撐著成千上萬探礦者的生活。就這樣一個聯邦邊緣行省卻成為了人類與外星種族接觸的第一線。 2499年12月12日，神族的戰艦忽然出現在聯邦周薩拉星球上空，毫無徵兆地摧毀了周薩拉，這時人類殖民者才第一次意識到他們在這個宇宙中並不孤獨。
人類與神族第一次遭遇
周薩拉在神族打擊下徹底毀滅
當然邊緣星系的毀滅絲毫不會影響聯邦的統治，聯邦的救援計劃也僅存在於被篡改UNN報道以及看似有序的調兵遣將中，但瑪薩拉星球上的居民卻是正處於異蟲血淋淋的威脅下。此時，當地治安官吉姆·雷諾因帶領民兵摧毀了被感染的指揮中心被埃德蒙·杜克囚禁在瑪薩拉北極高空軌道的梅里馬克號監獄船上。在薩拉·凱麗根（蒙斯克殺父仇人，在被蒙斯克救下後對蒙斯克效忠）的引薦下邁克·利伯蒂與蒙斯克做了筆交易——以自己的宣傳稿換取雷諾的自由，畢竟雷諾在安瑟姆小鎮救過自己一命，用邁克自己的話說“雷諾是我這段時間見過最正直的人”。聯邦對瑪薩拉的棄之不顧使得瑪薩拉居民在吉姆·雷諾和司法官（玩家扮演）的帶領下紛紛加入了恐怖組織首領阿克圖爾斯·蒙斯克麾下。蒙斯克還為雷諾的手下取了一個非正式的名字“雷諾的遊騎兵”。
在異蟲入侵造成的混亂中，蒙斯克派遣雷諾一行人趁亂潛入聯邦位於瑪薩拉的雅各布軍事基地竊取其中的機密文件和武器圖紙，然而基地中與異蟲的遭遇不得不使雷諾一行人懷疑聯邦與薩拉星系之亂有什麼聯繫，對此蒙斯克回應到自己早在一年前就見過它們，這很有可能是聯邦在邊緣星球進行的生物實驗。同時被竊取的機密文件中包含著扭轉戰場局勢的秘密。回到海伯利安號，蒙斯克滔滔不絕地控訴著聯邦犯下種族屠殺的滔天罪行，窗外環繞行星的光環一片冰藍色的閃光過後，金色的母艦被蛾子一樣的小飛船簇擁著，一些像蝙蝠一樣的金屬飛行物與較大些的飛船編成隊形，一切都宣告著神族的到來。。。。。。
雅各布基地
安提卡主星之圍：
兩天後，一個陌生的紅褐色星球出現在蒙斯克的觀察艙——安提卡主星，同樣是聯邦邊緣殖民地，只是比瑪薩拉更加厭倦了聯邦統治。蒙斯克希望雷諾能與薩拉·凱莉根會合一同幫助安提卡人民推翻聯邦統治，但棘手的是在瑪薩拉事件發生後聯邦加強了對當地的統治並派遣了一個阿爾法中隊的小組擔任保衛任務，而領導他們的正是邁克的老朋友埃德蒙·杜克將軍。
這是雷諾與薩拉的第一次見面，從此他們的命運便交織在了一起
雷諾負責消滅聯邦的地面部隊，凱莉根解決了駐守的聯邦軍官。兩人很快解決了安提卡上的阿爾法中隊，安提卡義軍與克哈之子結成同盟。杜克試圖平定這場叛亂，但他的艦隊旗艦諾拉德二號被蟲群擊落，墜落地點遭到蟲群重重包圍，絕望的杜克將軍只好通過公開頻道向塔桑尼斯總部求救，求救信號被克哈之子截獲，蒙斯克以收編杜克為由下令雷諾和凱莉根前去營救。快速穿行在平地上的救援部隊混雜了雷諾的遊騎兵、克哈之子成員、安提卡義軍和投降的聯邦軍隊，整顆星球已被蟲群包圍，等待它的命運只有毀滅。諾拉德二號的指揮室裡，杜克任然蜷縮在他的作戰服裡指揮著早已分崩離析的聯邦軍隊，在蒙斯克的威逼利誘下杜克也歸附了克哈之子。但並非每一個人都同意拉攏杜克的決定，無論是利伯蒂、凱莉根都一度認為蒙斯克“瘋了”，雷諾雖然相信蒙斯克推翻聯邦的目的但還是為蒙斯克的不擇手段感到擔憂。
在杜克的幫助下克哈之子成功破譯了他們從瑪薩拉上竊取的武器圖紙,上面記載的正是聯邦利用幽靈特工將異蟲引誘到指定地點的裝置——靈能發射器的原圖。靈能發射器可以通過放大幽靈特工的腦波吸引數光年內的異蟲，薩拉星系的異蟲入侵、聯邦基地裡的異蟲變得豁然開朗。聯邦本只想找來一些跳蟲，然而卻玩火自焚找來了一整個異蟲社會組織，結果失去了控制，現在同樣的事在安提卡主星上發生著。
按照武器圖紙，克哈之子製造出了靈能發射器，邁克·利伯蒂與薩拉·凱莉根在炮火與菌毯上穿行，最終將靈能發射器安放在聯邦基地然後啟動了它。異蟲很快吞噬了地面上的聯邦部隊和沒來得及撤走的叛軍。凱瑞根表示：“我們以後絕不再做這種事了。”殊不知這只是一系列瘋狂的開始。這場屠殺的主謀始終堅持他的說法：“我們的職責是莊嚴崇高的，不要過分拘泥小節。無論如何，我們這樣做是為了拯救更大多數人。”休伯利安號觀察艙的屏幕上，代表聯邦的黃色三角正在被代表異蟲的紅色三角消滅殆盡，冰藍色三角出現在屏幕邊緣，聖堂武士塔薩達爾帶領的神族部隊投入戰鬥，他們出動的地面部隊驚豔了在場的所有人，他們以極少的數量和遠超異蟲的單兵作戰能力與異蟲打得有來有回，人類這才意識到蟲族是可以在地面被打敗的。無論是聯邦還是神族都無法拯救這顆滿目瘡痍的星球，利伯蒂轉過身向電梯走去留下蒙斯克一個人欣賞他的傑作。
塔桑尼斯之戰與刀鋒女王的誕生：
十天之後，蒙斯克的部隊打進塔桑尼斯城內，在人口稠密的商業區與聯邦展開巷戰。雷諾的突擊隊在中央廣場上與阿卡尼特坦克分隊陷入苦戰損失慘重，邁克本想請求撤退卻因為聯邦的干擾器無法聯繫休伯利安號。凱莉根的及時支援解決了雷諾對面的聯邦分隊，利伯蒂順勢提議前往他的老辦公地點——UNN廣播大樓，使用它的通訊線路聯繫休伯利安號。，得益於備用發電機與地下線路，利伯蒂成功聯繫上了撤離部隊後者讓他們30分鐘後到四個街區外的指定地點集合。利伯蒂想起了UNN地下室儲存著他前老闆漢迪·安德森蒐集的塔桑尼斯各個大人物的黑幕，為尋找異蟲與神族的材料，利伯蒂請求凱莉根儘可能幫他多拿走一些資料以便不時之需。凱莉根以她通靈者的身份始終不肯相信蒙斯克會再次使用靈能發射器，而從撤離飛船上下來的一群技術兵和幽靈特工徹底粉碎了她的幻想。
塔桑尼斯攻防戰的最後幾天裡，雷諾、杜克、凱莉根、利伯蒂、蒙斯克平日裡相互積攢的不滿與厭惡因為靈能發射器的啟動相繼爆發。面對凱莉根的質問，蒙斯克也絲毫不隱藏自己的真實意圖——為了人類的大業不顧一切代價，無論是自己人還是敵人，此時的蒙斯克距離權力巔峰僅有一步之遙，他只需用自己的花言巧語和鐵血手段再將這個聯盟維持一小會兒。神族來得比蒙斯克預料的要快，異蟲在對聯邦的攻勢上有所減弱，蒙斯克想到了此時聯邦的權力核心可能乘機而逃，使他們的努力功虧一簣，情急之下蒙斯克只好派凱莉根和神族的先頭部隊交戰，使聯邦被緊緊地握在異蟲手中。雷諾在勸說蒙斯克無果後，決定相信凱莉根能獨自面對兇殘的蟲族。也就是這次爭辯中誕生了蒙斯克的那句名言：“ 沒人能阻止我，聯邦不能，星靈不能，任何人都不能，我會統治這片星區，或是看它化為一片焦土 。”
凱莉根最終沒能衝出重圍，面對天空中盤旋的蟲群她放下了手中的武器。可蟲群卻對被俘虜的凱莉根另有打算。不久後，在蟲族孵化室中，一隻帶有暗綠色的手向前伸去，角質一樣的刺從肉裡向外截出，奇特的膿液和新的機體在表皮下盤繞滑行，這隻手曾經屬於一個人類，而她現在已經通過蟲族的改造服務於更高的意識。此人曾經是蒙斯克手下的首席幽靈特工，現在她有了一個新的名字——刀鋒女王！塔桑尼斯之戰結束後，星球化為廢墟，埃德蒙·杜克在接下來的戰爭中不斷敗北，雷諾與他的手下劫走了休伯利安號，邁克·利伯蒂以筆為矛繼續支持正義的事業，凱莉根成為了新一代的蟲群主宰，而蒙斯克終於坐上了他孤獨的王座，直到地球聯合理事會遠征軍的到來，他的皇位才將面臨新一輪的考驗。
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