瘟疫公司聯機對抗，不同於單機模式，更具博弈和互動性，並且擁有臨時航班等主動技能。自瘟疫公司上線steam以來，瘟疫公司聯機玩家組建了自己的聯機社區，並不斷發展，構建了一套完整的對抗體系和戰術，並且舉辦了多場正式的對抗比賽。
由於官方的匹配機制較差，現在少有專注於匹配模式的玩家（因此可能會出現很久無法匹配到對手的情況）。然而，國內的瘟疫公司對抗玩家依然在不斷發展，組建了自己的QQ聯機群，編寫了多份有關瘟疫公司聯機的教材。
自2017以來，瘟疫公司對抗玩家已經舉辦了多場巔峰的對抗聯賽，並擁有完備的比賽機制。目前，CGPT（China God Plague Tournament）2025正在報名中！比賽預計於寒假（2月初）舉行，報名時間自12月5日起，到1月26日截止。
如果想要體驗與單機完全不同的玩法，尋求對抗好友，或是學習策略與戰術，歡迎加入QQ的瘟疫公司聯機群！
